+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2fwv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Rv0813 | ||||||
![]() | hypothetical protein MtubF_01000852 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / conserved hypothetical / restricted to actinomycetes / fatty acid binding protein like / Structural Proteomics in Europe / SPINE | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shepard, W. / Haouz, A. / Grana, M. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Cole, S.T. / Alzari, P.M. / Structural Proteomics in Europe (SPINE) | ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of Rv0813c from Mycobacterium tuberculosis Reveals a New Family of Fatty Acid-Binding Protein-Like Proteins in Bacteria Authors: Shepard, W. / Haouz, A. / Grana, M. / Buschiazzo, A. / Betton, J.M. / Cole, S.T. / Alzari, P.M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 60.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 43.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 450.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
2 |
| |||||||||
3 | ![]()
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 23925.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-DIO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow |
|
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97895 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 12.8 / Number: 52245 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / D res high: 2.7 Å / D res low: 46.611 Å / Num. obs: 7723 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50.833 Å / Num. all: 29663 / Num. obs: 29663 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 4255 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MAD set site |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm | FOM : 0.54 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.49 / Reflection: 7688 / Reflection acentric: 6173 / Reflection centric: 1515 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD with data collected on Se-Met crystal at 0.97895 A. Resolution: 1.7→43.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.783 / SU ML: 0.061 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.099 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.166 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→43.44 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
|