[日本語] English
万見
- PDB-2fvl: Crystal structure of human 3-alpha hydroxysteroid/dihydrodiol deh... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fvl
タイトルCrystal structure of human 3-alpha hydroxysteroid/dihydrodiol dehydrogenase (AKR1C4) complexed with NADP+
要素Aldo-keto reductase family 1, member C4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Chlordecone reductase / aldo-keto reductase / 3alpha-HSD1 / DD4 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


chlordecone reductase / chlordecone reductase activity / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity ...chlordecone reductase / chlordecone reductase activity / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ketosteroid monooxygenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid biosynthetic process / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / bile acid transmembrane transporter activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / bile acid binding / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / prostaglandin metabolic process / bile acid and bile salt transport / steroid metabolic process / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / electron transfer activity / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : / Aldo-keto reductase family 1 member C4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Smee, C. / Guo, K. / Lukacik, P. / Kavanagh, K. / Debreczeni, J.E. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. ...Ugochukwu, E. / Smee, C. / Guo, K. / Lukacik, P. / Kavanagh, K. / Debreczeni, J.E. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human 3-alpha hydroxysteroid/dihydrodiol dehydrogenase (AKR1C4) complexed with NADP+
著者: Ugochukwu, E. / Smee, C. / Guo, K. / Lukacik, P. / Kavanagh, K. / Debreczeni, J.E. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1, member C4
B: Aldo-keto reductase family 1, member C4
C: Aldo-keto reductase family 1, member C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1006
ポリマ－111,8703
非ポリマー2,2303
水15,025834
1
A: Aldo-keto reductase family 1, member C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0332
ポリマ－37,2901
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aldo-keto reductase family 1, member C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0332
ポリマ－37,2901
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aldo-keto reductase family 1, member C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0332
ポリマ－37,2901
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)166.008, 166.008, 194.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C
71A
81B
91C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSER5AA1 - 672 - 68
21METMETSERSER5BB1 - 672 - 68
31METMETSERSER5CC1 - 672 - 68
42LYSLYSVALVAL6AA68 - 7469 - 75
52LYSLYSVALVAL6BB68 - 7469 - 75
62LYSLYSVALVAL6CC68 - 7469 - 75
73LYSLYSTYRTYR5AA75 - 32376 - 324
83LYSLYSTYRTYR5BB75 - 32376 - 324
93LYSLYSTYRTYR5CC75 - 32376 - 324

-
要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1, member C4 / 3-alpha hydroxysteroid/dihydrodiol dehydrogenase


分子量: 37289.930 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C4 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: GenBank: 18088446, UniProt: P17516*PLUS, chlordecone reductase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase (Si-specific)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.999597 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.498619 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Potassium Citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→196.12 Å / Num. obs: 104763 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XF0.pdb

1xf0


解像度: 2.4→32.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.982 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Some unexplained positive fofc density was found near to the following residues: - His117 A, B, C; - Lys247 A, B, C; - Arg301 A, B, C
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20454 1972 1.9 %RANDOM
Rwork0.16648 ---
all0.1672 102788 --
obs0.1672 102788 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→32.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7799 0 144 834 8777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.99811110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9613.00213507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40224.305374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.402151405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3071545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.25738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23922
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2140.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.37255407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.42451921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.68377915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.69893666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.761113191
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1854medium positional0.120.5
2B1854medium positional0.110.5
3C1854medium positional0.120.5
1A2515loose positional0.615
2B2515loose positional0.565
3C2515loose positional0.585
1A1854medium thermal0.832
2B1854medium thermal0.832
3C1854medium thermal0.812
1A2515loose thermal2.7810
2B2515loose thermal2.4810
3C2515loose thermal2.5610
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 114 -
Rwork0.257 6225 -
obs--81.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4462-0.305-0.33271.7388-0.1821.34370.00150.14950.0591-0.1909-0.00160.07510.07430.0620.0001-0.3267-0.0088-0.0289-0.34570.0701-0.358150.442964.647880.9397
21.5515-0.090.08582.8107-0.68261.37370.05010.32260.0447-0.36-0.07990.28970.0626-0.07750.0298-0.32150.0293-0.0407-0.20560.0123-0.218810.640442.317283.6506
31.38660.58780.56051.42050.61351.0282-0.04980.16970.0021-0.19320.0316-0.1186-0.14110.14180.0182-0.29830.0172-0.0007-0.3471-0.0897-0.281749.095119.738674.192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3232 - 324
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 3232 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 3232 - 324

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る