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- PDB-2ftx: Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftx
タイトルCrystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain
要素
  • Hypothetical 24.6 kDa protein in ILV2-ADE17 intergenic region
  • Hypothetical 25.2 kDa protein in AFG3-SEB2 intergenic region
キーワードstructural protein / protein binding / alpha-beta / complex / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


centromere clustering / Ndc80 complex / sister chromatid biorientation / chromosome segregation / kinetochore / microtubule binding / cell division / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #430 / Chromosome segregation protein Spc25 / Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80 / Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1 / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Kinetochore protein SPC25 / Kinetochore protein SPC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wei, R.R. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Atomic Structure of the kinetochore Spc24p/Spc25p globular domain reveals a novel fold
著者: Wei, R.R. / Harrison, S.C. / Schnell, J.R. / Chou, J.J.
履歴
登録2006年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 25.2 kDa protein in AFG3-SEB2 intergenic region
B: Hypothetical 24.6 kDa protein in ILV2-ADE17 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6804
ポリマ－17,5622
非ポリマー1182
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.907, 84.907, 93.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 25.2 kDa protein in AFG3-SEB2 intergenic region


分子量: 10029.981 Da / 分子数: 1 / 断片: Spc25p globular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YER018C / プラスミド: pET3aTr / 細胞株 (発現宿主): Rosetta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40014
#2: タンパク質 Hypothetical 24.6 kDa protein in ILV2-ADE17 intergenic region


分子量: 7532.432 Da / 分子数: 1 / 断片: Spc24p globular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YMR117C, YM9718.16C / プラスミド: pET3aTr / 細胞株 (発現宿主): Rosetta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04477
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 293 K / pH: 10.5
詳細: 0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97950, 0.97967, 0.953725
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.979671
30.9537251
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13528 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.096 / SU ML: 0.092 / σ(F): 2 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 685 -RANDOMLY SELECTED
Rwork0.209 ---
obs0.21 12988 99.8 %-
all-13014 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.377 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---1.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.136 Å0.161 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1182 0 6 79 1267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9721633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.9255147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.91124.40759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3215212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.31159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0850.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2111.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16221186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8513478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.464.5447
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 63 -
Rwork0.22 --
obs--97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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