[日本語] English
万見
- PDB-2ftp: Crystal Structure of hydroxymethylglutaryl-CoA lyase from Pseudom... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftp
タイトルCrystal Structure of hydroxymethylglutaryl-CoA lyase from Pseudomonas aeruginosa
要素hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
キーワードLYASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxy-3-isohexenylglutaryl-CoA lyase / 3-hydroxy-3-isohexenylglutaryl-CoA lyase activity / terpene catabolic process / hydroxymethylglutaryl-CoA lyase / hydroxymethylglutaryl-CoA lyase activity / ketone body biosynthetic process / isoprenoid catabolic process / L-leucine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase, active site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A lyase active site. / HMG-CoA lyase / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-hydroxy-3-isohexenylglutaryl-CoA/hydroxy-methylglutaryl-CoA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xiao, T. / Evdokimova, E. / Liu, Y. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Pai, E.F. / Edwards, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of hydroxymethylglutaryl-CoA lyase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Xiao, T. / Evdokimova, E. / Liu, Y. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Pai, E.F. / Edwards, A.
履歴
登録2006年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2754
ポリマ－32,0671
非ポリマー2073
水3,999222
1
A: hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子

A: hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5498
ポリマ－64,1352
非ポリマー4146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation46_544z+1/2,-y-1/2,x-1/21
Buried area3960 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA, PQS
2
A: hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,64824
ポリマ－192,4056
非ポリマー1,24318
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation37_544y+1/2,x-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation43_544-x+1/2,-z-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation46_544z+1/2,-y-1/2,x-1/21
Buried area20020 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area60750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.012, 189.012, 189.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

-
要素

#1: タンパク質 hydroxymethylglutaryl-CoA lyase


分子量: 32067.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: GenBank: 9948014, UniProt: Q9I2A0*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris 8.0, 3.4M Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月11日 / 詳細: xenocs multilayer confocal mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→80 Å / Num. all: 22088 / Num. obs: 21999 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 42.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 9.97 / Num. unique all: 1126 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YDN

1ydn


解像度: 2.4→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.446 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21309 735 3.2 %RANDOM
Rwork0.18713 ---
all0.18799 22088 --
obs0.18799 21999 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.229 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 13 222 2473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.973154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3175307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10923.6100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.50715378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4881520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21589
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.611.51506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20222400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1393839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5814.5754
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 47 -
Rwork0.24 1584 -
obs--99.82 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る