PDB-2ftn: E. coli thymidylate synthase Y94F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ftn

タイトル

E. coli thymidylate synthase Y94F mutant

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Started with coordinates from isomorphous structure IAJM / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Montfort, W.R. / Roberts, S.A.

引用

ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006
タイトル: Structure of the Y94F mutant of Escherichia coli thymidylate synthase.
著者: Roberts, S.A. / Hyatt, D.C. / Honts, J.E. / Changchien, L. / Maley, G.F. / Maley, F. / Montfort, W.R.

履歴

登録	2006年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ftn.cif.gz	72.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ftn.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ftn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ftn_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ftn_full_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示
XML形式データ	2ftn_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2ftn_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2ftn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/2ftn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ftoC 2ftq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ftq-1 1ajm-1 1qqq-2 1aiq-d 1ffl-1 3qj7-1 1f4c-d 3b9h-1 1evf-1 1fp6-2 1evg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.171, 131.171, 131.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

詳細

The biological assembly is a dimer. There is one monomer in the asymetric unit. To generate the second monomer of the dimer, apply the symmetry operation -x,1/2-y,z

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 30543.666 Da / 分子数: 1 / 変異: Y94F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: thyA / プラスミド: BLUSCRIPT SK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xac25 Thy / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→11.2 Å / Num. all: 48479 / Num. obs: 48479 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4865 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Started with coordinates from isomorphous structure IAJM
解像度: 1.6→11.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.397 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND TLS REFINEMENT PERFORMED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20359	2458	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18204	-	-	-
obs	0.18312	46021	98.16 %	-
all	-	46021	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.713 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→11.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2152	0	40	175	2367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.958	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.401	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.555	23.898	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.823	15	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.58	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.24	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.169	3	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.369	3	544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.518	6	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.566	6	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.821	8	950
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	196	-
R_work	0.167	3420	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6374	0.2804	0.1168	0.4979	-0.2844	0.453	0.0091	0.0948	-0.1187	-0.1019	-0.0266	-0.0624	0.0322	0.1112	0.0175	-0.0269	-0.0139	0.0218	0.0215	-0.0068	-0.0112	15.261	29.733	53.771
2	3.3209	0.5414	1.105	6.2983	5.1415	6.1119	0.2089	-0.0086	0.262	-0.1226	-0.1558	0.0442	-0.0875	-0.1462	-0.0531	-0.0311	-0.0601	0.0132	-0.0378	0.0561	-0.0538	7.024	50.205	52.739
3	2.7543	0.5745	-1.5165	1.0908	0.0206	1.0795	0.1811	-0.2255	-0.0876	0.1529	-0.1857	-0.225	-0.098	0.1627	0.0046	-0.0417	-0.0603	-0.0403	0.0307	0.0411	0.0043	22.134	35.299	70.354
4	0.3185	0.1231	0.209	1.8736	-0.4599	0.6643	0.0489	-0.0706	-0.0888	0.1274	-0.0237	0.0253	-0.0217	0.0258	-0.0252	-0.0099	-0.0497	-0.007	0.0008	0.0468	-0.0087	7.088	26.347	75.862
5	0.9332	0.6443	0.3104	0.8979	0.436	0.554	0.0267	-0.0926	-0.0173	0.0675	-0.0418	0.0005	0.0111	0.0101	0.0152	-0.0076	-0.0386	-0.0088	0.001	0.004	-0.0248	3.604	31.44	68.891
6	16.2113	-7.644	-17.3963	31.3729	21.3079	25.8904	0.6921	0.5988	0.3564	-0.3572	-0.1716	0.5709	-0.4145	-1.519	-0.5205	-0.0083	-0.0282	0.0452	0.0193	0.0267	-0.075	20.531	52.423	59.64

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	118 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	150 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	94 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	123 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	261 - 264

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