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- PDB-2fr2: Crystal Structure of Rv2717c from M. tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fr2
タイトルCrystal Structure of Rv2717c from M. tuberculosis
要素hypothetical protein Rv2717c
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / BETA BARREL / fatty acid binding / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxynitrite isomerase activity / Isomerases; Other isomerases / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Nitrobindin, bacteria/plant / THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Nitrobindin family / THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peroxynitrite isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hung, L.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Rv2717c from Mycobacterium tuberculosis
著者: Hung, L.W. / Yu, M. / Bursey, E.H. / Radhakannan, T. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Chang, Y.B. / Terwilliger, T.C. / Kaviratne, A. / Woodruff, T.
履歴
登録2006年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Rv2717c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9401
ポリマ－18,9401
非ポリマー00
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: hypothetical protein Rv2717c

A: hypothetical protein Rv2717c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8812
ポリマ－37,8812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.847, 73.483, 80.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-294-

HOH

詳細The biological assembly is apparently a monomer

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein Rv2717c


分子量: 18940.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / プラスミド: custom / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23/DE3 / 参照: GenBank: 15609854, UniProt: P9WFG7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG2000MME 18.714%, Na-K-Phosphate 0.1M, Isopropanol 9.394%, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 29018 / Num. obs: 28843 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2796 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→40.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.233 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20172 1479 5.1 %RANDOM
Rwork0.17891 ---
all0.18004 ---
obs0.18004 27360 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1224 0 0 159 1383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.9811716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.3323.33351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35715194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.537159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3360.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1591.5826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94121302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0373476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4034.5411
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.504→1.543 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 108 -
Rwork0.25 1832 -
obs--91.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.631 Å / Origin y: 26.144 Å / Origin z: 17.029 Å
111213212223313233
T-0.0086 Å2-0.0106 Å2-0.001 Å2--0.0296 Å20.0249 Å2---0.0721 Å2
L0.4291 °2-0.2937 °20.1563 °2-0.3689 °2-0.0188 °2--0.2768 °2
S-0.0148 Å °-0.0953 Å °-0.0314 Å °0.013 Å °-0.0169 Å °-0.0224 Å °0.0058 Å °0.0251 Å °0.0318 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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