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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fqp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a cupin domain (bp2299) from bordetella pertussis tohama i at 1.80 A resolution | ||||||
![]() | hypothetical protein BP2299 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Double-stranded beta-helix fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of (np_880937.1) from BORDETELLA PERTUSSIS at 1.80 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV ROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: 5
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10927.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Bordetella pertussis / 株: Tohama I / 遺伝子: np_880937.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-1PE / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.47 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8.5 詳細: 0.2M NaOAc, 30.0% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→19 Å / Num. obs: 27712 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 13.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THERE IS A METAL ION BOUND IN EACH MONOMER. IT IS ASSIGNED AS ZN2+ BASED ON AN X-RAY EMISSION SPECTRUM AND AN X-RAY FLUORESCENCE ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THERE IS A METAL ION BOUND IN EACH MONOMER. IT IS ASSIGNED AS ZN2+ BASED ON AN X-RAY EMISSION SPECTRUM AND AN X-RAY FLUORESCENCE SCAN NEAR ZN ABSORPTION EDGE. (3) THERE IS AN ACETATE ION IN EACH MONOMER BOUND NEAR ZN2+ ION. (4) THERE IS A PENTAETHYLENE GLYCOL 238 (N=5) MOLECULE BOUND IN THE STRUCTURE. THE SOURCE OF PENTAETHYLENE GLYCOL IS UNCERTAIN. IT MAY COME FROM THE CONTAMINATION OF PEG400 USED IN THE EXPERIMENT. IT IS ALSO POSSIBLE THAT WE ONLY OBSERVE THE ORDERED PART OF PEG400 AND THE REST OF PEG400 IS DISORDERED. (5) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.089 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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