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- PDB-2fqp: Crystal structure of a cupin domain (bp2299) from bordetella pert... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fqp
タイトルCrystal structure of a cupin domain (bp2299) from bordetella pertussis tohama i at 1.80 A resolution
要素hypothetical protein BP2299
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Double-stranded beta-helix fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Cupin_2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_880937.1) from BORDETELLA PERTUSSIS at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV ROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein BP2299
B: hypothetical protein BP2299
C: hypothetical protein BP2299
D: hypothetical protein BP2299
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,44713
ポリマ－43,7114
非ポリマー7369
水5,008278
1
A: hypothetical protein BP2299
B: hypothetical protein BP2299
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1056
ポリマ－21,8562
非ポリマー2494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
2
C: hypothetical protein BP2299
D: hypothetical protein BP2299
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3437
ポリマ－21,8562
非ポリマー4875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
3
C: hypothetical protein BP2299
D: hypothetical protein BP2299
ヘテロ分子

A: hypothetical protein BP2299
B: hypothetical protein BP2299
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,44713
ポリマ－43,7114
非ポリマー7369
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.919, 92.651, 53.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: 5

Dom-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ALAAA3 - 954 - 96
2LYSBB3 - 944 - 95
3ALACC3 - 954 - 96
4ALADD3 - 954 - 96

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein BP2299


分子量: 10927.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)
生物種: Bordetella pertussis / 株: Tohama I / 遺伝子: np_880937.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33593293, UniProt: Q7VWF8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.47 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8.5
詳細: 0.2M NaOAc, 30.0% PEG-4000, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.019867, 0.979741
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0198671
20.9797411
反射解像度: 1.8→19 Å / Num. obs: 27712 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 13.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
1.8-1.8594.640.3022.2421250.302
1.85-1.992.640.2632.6520680.263
1.9-1.9593.740.2023.4819990.202
1.95-2.0192.240.1664.2419290.166
2.01-2.0892.84.10.1454.9518490.145
2.08-2.15924.10.1176.118090.117
2.15-2.2390.64.10.1046.817230.104
2.23-2.3292.14.10.0967.7416690.096
2.32-2.4390.44.10.0848.6215870.084
2.43-2.5589.74.20.0769.7715150.076
2.55-2.6890.44.20.06411.6214120.064
2.68-2.8588.54.20.05114.2213250.051
2.85-3.04884.30.04316.9312420.043
3.04-3.2987.24.30.03819.3511630.038
3.29-3.687.14.30.03321.6510530.033
3.6-4.0286.24.40.03122.919440.031
4.02-4.6585.84.30.02824.48210.028
4.65-5.6984.14.40.0324.566860.03
5.69-8.0582.44.40.03622.715290.036
8.05-1973.64.20.03625.462640.036

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.746 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THERE IS A METAL ION BOUND IN EACH MONOMER. IT IS ASSIGNED AS ZN2+ BASED ON AN X-RAY EMISSION SPECTRUM AND AN X-RAY FLUORESCENCE ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THERE IS A METAL ION BOUND IN EACH MONOMER. IT IS ASSIGNED AS ZN2+ BASED ON AN X-RAY EMISSION SPECTRUM AND AN X-RAY FLUORESCENCE SCAN NEAR ZN ABSORPTION EDGE. (3) THERE IS AN ACETATE ION IN EACH MONOMER BOUND NEAR ZN2+ ION. (4) THERE IS A PENTAETHYLENE GLYCOL 238 (N=5) MOLECULE BOUND IN THE STRUCTURE. THE SOURCE OF PENTAETHYLENE GLYCOL IS UNCERTAIN. IT MAY COME FROM THE CONTAMINATION OF PEG400 USED IN THE EXPERIMENT. IT IS ALSO POSSIBLE THAT WE ONLY OBSERVE THE ORDERED PART OF PEG400 AND THE REST OF PEG400 IS DISORDERED. (5) ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1401 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.156 ---
obs0.156 27688 89.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 36 278 3270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9594248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76536553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8615385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2123.481135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12515483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.22761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21996
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14332050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7643769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66653186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.61181281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.238111062
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A504MEDIUM POSITIONAL0.20.5
2B504MEDIUM POSITIONAL0.240.5
3C504MEDIUM POSITIONAL0.270.5
4D504MEDIUM POSITIONAL0.310.5
1A827LOOSE POSITIONAL0.765
2B827LOOSE POSITIONAL0.575
3C827LOOSE POSITIONAL0.525
4D827LOOSE POSITIONAL0.645
1A504MEDIUM THERMAL1.182
2B504MEDIUM THERMAL1.072
3C504MEDIUM THERMAL1.132
4D504MEDIUM THERMAL1.192
1A827LOOSE THERMAL2.3810
2B827LOOSE THERMAL2.5310
3C827LOOSE THERMAL2.5310
4D827LOOSE THERMAL2.1110
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 122 -
Rwork0.144 2002 -
obs-2124 94.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16560.25780.20880.5160.19120.4195-0.01020.01410.0024-0.01060.0191-0.0013-0.02290-0.0089-0.02970.00040.008-0.01030.0011-0.015516.7344111.650464.3426
20.31120.27910.16070.59640.02050.5289-0.0235-0.02350.0129-0.01820.0616-0.00290.0753-0.0084-0.038-0.0129-0.0091-0.0027-0.01860.003-0.023411.744389.799258.7854
30.11340.02980.02450.8929-0.03450.3438-0.0103-0.00120.0091-0.00190.00280.04930.05910.00130.0075-0.018-0.00540.0016-0.0145-0.0049-0.020537.444689.078332.9547
40.60740.21220.05470.5314-0.06040.4296-0.02950.0209-0.00450.06150.0342-0.0098-0.0505-0.0245-0.0047-0.02580.0060.002-0.01610.0018-0.023341.3823111.043438.7508
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA0 - 951 - 96
22BB3 - 944 - 95
33CC0 - 951 - 96
44DD3 - 964 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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