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万見
- PDB-2fql: Crystal structure of trimeric frataxin from the yeast Saccharomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fql
タイトルCrystal structure of trimeric frataxin from the yeast Saccharomyces cerevisiae
要素Frataxin homolog, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALPHA/BETA SANDWICH / METALLOCHAPERONE / IRON-STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Mitochondrial protein import / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly complex / response to iron(II) ion / iron-sulfur cluster assembly / heme biosynthetic process / ferroxidase ...Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Mitochondrial protein import / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / iron chaperone activity / iron-sulfur cluster assembly complex / response to iron(II) ion / iron-sulfur cluster assembly / heme biosynthetic process / ferroxidase / ferroxidase activity / glutathione metabolic process / ferric iron binding / ferrous iron binding / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Frataxin/CyaY / Frataxin / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily ...Frataxin/CyaY / Frataxin / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Frataxin homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Al-Karadaghi, S. / Karlberg, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The structures of frataxin oligomers reveal the mechanism for the delivery and detoxification of iron.
著者: Karlberg, T. / Schagerlof, U. / Gakh, O. / Park, S. / Ryde, U. / Lindahl, M. / Leath, K. / Garman, E. / Isaya, G. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2006年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frataxin homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6711
ポリマ－13,6711
非ポリマー00
水00
1
A: Frataxin homolog, mitochondrial

A: Frataxin homolog, mitochondrial

A: Frataxin homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0143
ポリマ－41,0143
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)121.220, 121.220, 121.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y, 1/2+z, 1/2-x and 1/2-z, -x, 1/2+y.

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要素

#1: タンパク質 Frataxin homolog, mitochondrial


分子量: 13671.182 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 52-174 / 変異: Y73A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YFH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07540

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.38 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 2 M AmSO4, 0.1 M BIS-TRIS, 4% GAMMA-Butyrolactone, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K, pH 5.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0516
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日
放射モノクロメーター: BENT GERMANIUM CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0516 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→20 Å / Num. obs: 6059 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.01→3.19 Å / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1EKG AND 1EW4

1ekg

1ew4


解像度: 3.01→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 132406.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 302 5 %RANDOM
Rwork0.286 ---
obs0.286 6042 100 %-
all-6059 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.53 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.54 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.78 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数883 0 0 0 883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it12.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.392.5
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.062 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 46 5 %
Rwork0.419 878 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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