PDB-2fpo: Putative methyltransferase yhhF from Escherichia coli.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fpo

タイトル

Putative methyltransferase yhhF from Escherichia coli.

要素

methylase yhhF

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / putative methyltransferase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase activity / 16S rRNA (guanine966-N2)-methyltransferase / rRNA base methylation / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Kim, Y. / Sanishvili, R. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Methyltransferase that modifies guanine 966 of the 16 S rRNA: functional identification and tertiary structure.
著者: Lesnyak, D.V. / Osipiuk, J. / Skarina, T. / Sergiev, P.V. / Bogdanov, A.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Dontsova, O.A.

履歴

登録	2006年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・詳細版	2fpo_full_validation.pdf.gz	502.1 KB	表示
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CIF形式データ	2fpo_validation.cif.gz	66.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2vnq-1 4zjf-2 6yli-2 4cub-1 2fhp-2 1xnk-2 1i9a-1 5nff-7 1zr5-2 4cua-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC076

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC076

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: methylase yhhF

B: methylase yhhF

C: methylase yhhF

D: methylase yhhF

E: methylase yhhF

F: methylase yhhF

ヘテロ分子

133 kDa, 6 ポリマー
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1

A: methylase yhhF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: methylase yhhF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: methylase yhhF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: methylase yhhF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: methylase yhhF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: methylase yhhF

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.504, 96.912, 193.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	methylase yhhF 分子量: 22181.572 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yhhF / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0ADX9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium tartrate, 20% PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97956 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月25日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→38.76 Å / Num. all: 80096 / Num. obs: 80096 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 5233 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→38.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / SU B: 6.305 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ALL DATA WERE USED IN FINAL ROUND OF REFINEMENT. R-FACTOR-ALL CORRESPONDS TO DEPOSITED FILE. R-WORK AND R-FREE FACTORS ARE TAKEN FROM SECOND ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	3178	-	RANDOM
R_work	0.1833	-	-	-
all	0.1836	79903	-	-
obs	0.1836	79903	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	0.59 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8309	0	10	390	8709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	8625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.96	11734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.679	5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.758	23.72	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.5	15	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.923	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.219	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.92	1.5	5534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.443	2	8620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.217	3	3531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.35	4.5	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	158	-
R_work	0.26	4694	-
obs	-	4694	78.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7794	-0.3698	-0.6852	2.0547	1.0525	1.2682	0.0548	0.2966	-0.0468	0.0218	-0.1097	-0.0817	-0.0008	0.0603	0.055	-0.079	0.0039	-0.0023	-0.0663	0.0136	-0.1051	15.1054	-9.915	15.6364
2	1.7677	-0.1778	0.2341	2.4819	-1.4217	1.7223	0.045	-0.0912	-0.0258	0.014	0.1154	0.2434	-0.1664	-0.0623	-0.1604	-0.0753	-0.0147	0.0263	-0.1044	0.0089	-0.0466	8.7214	19.1043	13.9661
3	1.656	0.5943	0.0579	2.689	0.9536	2.9614	0.1026	-0.3762	-0.081	0.1069	-0.0273	-0.2356	0.0078	0.0278	-0.0753	-0.0674	-0.0121	0.0026	-0.0245	0.0212	-0.1021	28.5879	30.0114	33.5449
4	3.8037	0.3155	0.7039	2.0543	0.9111	1.0752	0.0701	-0.3479	0.1019	-0.0548	-0.1225	-0.1162	0.0269	0.0483	0.0524	-0.074	-0.0013	0.0145	-0.0582	0.0073	-0.1036	11.375	87.2974	81.4423
5	1.6328	0.3449	-0.1858	2.5834	-1.3178	1.7777	0.0501	0.071	-0.0015	-0.0029	0.1148	0.2147	0.15	-0.0688	-0.1649	-0.0719	0.0209	-0.0064	-0.101	0.0093	-0.0634	5.0208	58.3344	82.9176
6	1.3296	-0.6142	-0.0464	2.4833	0.8244	2.9314	0.05	0.26	0.0677	-0.0696	0.0037	-0.1893	-0.0153	-0.0034	-0.0537	-0.0592	0.0093	0.0162	-0.0618	0.0186	-0.0971	24.7995	47.7354	63.4356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 192	12 - 194
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	10 - 192	12 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	10 - 192	12 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	10 - 192	12 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	10 - 192	12 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	10 - 192	12 - 194

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関連情報:EMDBヘッダ

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