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万見
- PDB-2fp2: Secreted Chorismate Mutase from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fp2
タイトルSecreted Chorismate Mutase from Mycobacterium tuberculosis
要素Chorismate mutase
キーワードISOMERASE / alpha-helical
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chorismate mutase, periplasmic / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II ...Chorismate mutase, periplasmic / : / Chorismate mutase / Chorismate Mutase Domain, subunit A / Chorismate mutase domain superfamily / Chorismate mutase domain profile. / Chorismate mutase type II / Chorismate mutase type II superfamily / Chorismate mutase II, prokaryotic-type / Chorismate mutase type II / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TSA / Secreted chorismate mutase / Secreted chorismate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Okvist, M. / Dey, R. / Sasso, S. / Grahn, E. / Kast, P. / Krengel, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: 1.6A Crystal Structure of the Secreted Chorismate Mutase from Mycobacterium tuberculosis: Novel Fold Topology Revealed
著者: Okvist, M. / Dey, R. / Sasso, S. / Grahn, E. / Kast, P. / Krengel, U.
履歴
登録2006年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chorismate mutase
B: Chorismate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2193
ポリマ－36,9912
非ポリマー2281
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.906, 72.800, 61.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Proposed to be the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Chorismate mutase


分子量: 18495.512 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 34-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: pKTU3-HT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29
参照: UniProt: O07746, UniProt: P9WIB9*PLUS, chorismate mutase
#2: 化合物 ChemComp-TSA / 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID / (1R,5S)-2-オキサ-8β-ヒドロキシビシクロ[3.3.1]ノナ-6-エン-3α,5-ジカルボン酸


分子量: 228.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5-15% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M cacodylate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.087 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→38.92 Å / Num. all: 45129 / Num. obs: 45129 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 6328 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2FP1

2fp1


解像度: 1.64→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.519 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20333 2284 5.1 %RANDOM
Rwork0.17016 ---
all0.17179 42905 --
obs0.17179 42905 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0.18 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.091 Å0.09 Å
Luzzati sigma a-0.054 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 16 416 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9643773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9123.0024626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8035354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82123.381139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.82715455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7521532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.22080
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3570.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8271.52230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2691.5650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5722761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79431195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2494.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.637→1.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 164 -
Rwork0.239 2978 -
obs--93.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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