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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2fp1 | ||||||
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Title | Secreted Chorismate Mutase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Chorismate mutase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Okvist, M. / Dey, R. / Sasso, S. / Grahn, E. / Kast, P. / Krengel, U. | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.6A Crystal Structure of the Secreted Chorismate Mutase from Mycobacterium tuberculosis: Novel Fold Topology Revealed Authors: Okvist, M. / Dey, R. / Sasso, S. / Grahn, E. / Kast, P. / Krengel, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 85 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 68 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Proposed to be the dimer in the asymmetric unit |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 18495.512 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 34-199 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O07746, UniProt: P9WIB9*PLUS, ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.91 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 5-15% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M cacodylate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2003 | |||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.55→31.01 Å / Num. obs: 53094 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.9 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.63 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7734 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.622 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→31.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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