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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fo1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the CSL-Notch-Mastermind ternary complex bound to DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION/SIGNALLING PROTEIN/DNA / beta-barrel (Βバレル) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DOUBLE HELIX / ankyrin repeat / GENE REGULATION-SIGNALLING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stem cell fate determination / Pre-NOTCH Processing in Golgi / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulation of NOTCH4 signaling / regulation of mesodermal cell fate specification / dauer exit / positive regulation of vulval development / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / positive regulation of mesodermal cell fate specification / vulval development ...stem cell fate determination / Pre-NOTCH Processing in Golgi / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulation of NOTCH4 signaling / regulation of mesodermal cell fate specification / dauer exit / positive regulation of vulval development / CSL-Notch-Mastermind transcription factor complex / positive regulation of mesodermal cell fate specification / vulval development / regulation of vulval development / cell projection morphogenesis / oocyte growth / nematode larval development / germ-line stem cell division / regulation of basement membrane organization / egg-laying behavior / regulation of cell fate specification / 拘束 (生物学) / 睡眠 / Notch binding / cell fate specification / positive regulation of stem cell proliferation / Notchシグナリング / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / RNA polymerase II transcription regulator complex / transmembrane signaling receptor activity / 遺伝子発現の調節 / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / apical plasma membrane / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / calcium ion binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散, 多重同系置換・異常分散, 分子置換 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Wilson, J.J. / Kovall, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of the CSL-Notch-Mastermind ternary complex bound to DNA. 著者: Wilson, J.J. / Kovall, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fo1.cif.gz | 181.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fo1.ent.gz | 136.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fo1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/2fo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/2fo1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4673.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE SEQUENCE COMES FROM A REGION WITHIN THE MAMMALIAN HES-1 PROMOTER |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4503.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE SEQUENCE COMES FROM A REGION WITHIN THE MAMMALIAN HES-1 PROMOTER |
#3: タンパク質 | 分子量: 53761.641 Da / 分子数: 1 / Fragment: CORE (RESIDUES 192-663) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: LAG-1 / プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS / 参照: GenBank: 22532887, UniProt: V6CLJ5*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 9755.596 Da / 分子数: 1 / Fragment: CONSERVED N-TERMINUS (49-132) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sel-8, lag-3 / プラスミド: pET28A pSMT variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q09260 |
#5: タンパク質 | 分子量: 42457.406 Da / 分子数: 1 / Fragment: RAM AND ANK REPEAT DOMAINS (931-1303) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: lin-12 / プラスミド: pGEX4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P14585 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 10% PEG 10K, 0.15M Ammonium Acetate, 0.1M BisTris, 10% ethylene glycol, pH 5.5, MICROBATCH, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.12→50 Å / Num. all: 52029 / Num. obs: 47404 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.5 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 3.12→3.23 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 88.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散, 多重同系置換・異常分散, 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TTU PDB ENTRY 1OT8 解像度: 3.12→43.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 68268.33 / Data cutoff high rms absF: 68268.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.6717 Å2 / ksol: 0.201211 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.12→43.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.12→3.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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