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万見
- PDB-2fno: Crystal structure of a glutathione s-transferase (atu5508) from a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fno
タイトルCrystal structure of a glutathione s-transferase (atu5508) from agrobacterium tumefaciens str. c58 at 2.00 A resolution
要素AGR_pAT_752p
キーワードTRANSFERASE / Thioredoxin fold / gst c-terminal domain-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / : / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Comparative structural analysis of a novel glutathioneS-transferase (ATU5508) from Agrobacterium tumefaciens at 2.0 A resolution.
著者: Kosloff, M. / Han, G.W. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / Fasnacht, M. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Canaves, J.M. / ...著者: Kosloff, M. / Han, G.W. / Krishna, S.S. / Schwarzenbacher, R. / Fasnacht, M. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Canaves, J.M. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / DiDonato, M. / Duan, L. / Feuerhelm, J. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Haugen, J. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Johnson, H. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Levin, I. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Page, R. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Sims, E. / Spraggon, G. / Sridhar, V. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2006年3月21日ID: 1ZGM
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGR_pAT_752p
B: AGR_pAT_752p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0306
ポリマ－55,7972
非ポリマー2324
水7,098394
1
A: AGR_pAT_752p
ヘテロ分子

A: AGR_pAT_752p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0306
ポリマ－55,7972
非ポリマー2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA, PQS
2
B: AGR_pAT_752p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0153
ポリマ－27,8991
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: AGR_pAT_752p
ヘテロ分子

B: AGR_pAT_752p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0306
ポリマ－55,7972
非ポリマー2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.204, 50.261, 117.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-250-

HOH

21B-241-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASP / End label comp-ID: SER / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 236 / Label seq-ID: 15 - 248

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 AGR_pAT_752p


分子量: 27898.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: str. C58 / 遺伝子: 15162326 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 15162326, UniProt: Q7D2W7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 18.00% PEG 3350, 0.2M Potassium Thiocyanate, 10.00% Glycerol, additive - 0.01M spermine tetra-HCL, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979127, 0.964062, 0.979291
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月22日
詳細: Water cooled, Sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791271
20.9640621
30.9792911
反射解像度: 2→44.6 Å / Num. obs: 37755 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.191 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 64.8 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. measured obs: 5008 / Χ2: 0.998 / % possible all: 78.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
DENZOデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→44.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.607 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.152
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE ARE LARGE DIFFERENCE FOURIER PEAKS ON THE CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS BETWEEN NEAR ASP 107 AND ASP 110 AND SYMMETRY COPIES ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE ARE LARGE DIFFERENCE FOURIER PEAKS ON THE CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS BETWEEN NEAR ASP 107 AND ASP 110 AND SYMMETRY COPIES FORMING THE BIOLOGICAL UNIT IN BOTH MONOMERS (A AND B). THESE PEAKS WERE LEFT UNMODELED. 3. THE N-TERMINAL REGION OF MOLECULE B IS LESS WELL ORDERED A PEAK IS OBSERVED IN THE DIFFERENCE MAP FOR THE SE ATOM FROM RESIDUE B1 WHICH WAS NOT MODELED. 4. RESIDUE GLN 73 IS A RAMACHANDRAN OUTLIER IN BOTH CHAINS. THE ELECTRON DENSITY IS GOOD IN THIS REGION AND CLEARLY SUPPORTS THIS BACKBONE CONFORMATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1871 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 ---
obs0.18306 35858 94.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2 Å20 Å21.25 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3617 0 12 394 4023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223713
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9555047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0736029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8585471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92223.677155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11915590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1611525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.22514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21738
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.64232355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4523962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59153770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.92181358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.369111277
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1370TIGHT POSITIONAL0.030.05
1618MEDIUM POSITIONAL0.250.5
1370TIGHT THERMAL0.190.5
1618MEDIUM THERMAL0.842
LS精密化 シェル解像度: 2→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 98 -
Rwork0.21 1985 -
obs--71.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2409-0.0327-1.32650.73670.06453.18710.01340.21220.02590.0260.00170.12170.1592-0.4813-0.015-0.2055-0.0287-0.0278-0.14890.0004-0.1016-11.1569-6.14055.2334
21.669-0.1298-2.02090.68980.13344.54-0.06460.29520.0424-0.06760.05970.09350.1385-0.64020.0049-0.0284-0.0314-0.0014-0.09710.0092-0.1126-27.9587-1.087141.1423
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-2 - 23610 - 248
22BB3 - 23615 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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