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- PDB-2fn0: Crystal structure of Yersinia enterocolitica salicylate synthase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fn0
タイトルCrystal structure of Yersinia enterocolitica salicylate synthase (Irp9)
要素salicylate synthetase, Irp9
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Yersinia enterocolitica / Irp9 / salicylate synthase / siderophore (シデロホア)
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity / isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / siderophore biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Salicylate synthase / アントラニル酸シンターゼ / アントラニル酸シンターゼ / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / リン酸塩 / : / Salicylate synthetase, Irp9
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kerbarh, O. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L. / Abell, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Yersinia enterocolitica Salicylate Synthase and its Complex with the Reaction Products Salicylate and Pyruvate.
著者: Kerbarh, O. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2006年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: salicylate synthetase, Irp9
B: salicylate synthetase, Irp9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9748
ポリマ－96,6182
非ポリマー3576
水9,908550
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.740, 145.671, 58.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the dimer present in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 salicylate synthetase, Irp9


分子量: 48308.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
株: 8081 / 遺伝子: IRP9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(D3) / 参照: GenBank: 5420055, UniProt: Q9X9I8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月23日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 77309 / Num. obs: 72593 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Num. unique all: 5176 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
X-GENデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: composite search probe from 1QDL, 1I7Q and 1I1Q

1qdl

1i7q

1i1q


解像度: 1.85→28.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.103 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24035 3649 5 %RANDOM
Rwork0.18717 ---
all0.18988 73421 --
obs0.18988 68906 93.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6318 0 20 550 6888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9578783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4115831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79623.474285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.487151045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4321555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.26154240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0866600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.83952520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.297.52183
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 236 -
Rwork0.245 4739 -
obs-4975 87.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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