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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fm9 | ||||||
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タイトル | Structure of Salmonella SipA residues 48-264 | ||||||
要素 | Cell invasion protein sipA | ||||||
キーワード | CELL INVASION / Salmonella / type II secretion / SipA / virulence / bacterial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lilic, M. / Vujanac, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006 タイトル: A common structural motif in the binding of virulence factors to bacterial secretion chaperones. 著者: Lilic, M. / Vujanac, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fm9.cif.gz | 52.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fm9.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fm9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2fm9_validation.pdf.gz | 421.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2fm9_full_validation.pdf.gz | 423.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2fm9_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2fm9_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fm9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23582.234 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 48-264 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: sipA, sspA / プラスミド: pGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56027, UniProt: P0CL52*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of 20mg/ml protein with an equilibration buffer consisting of 20% PEG6000, 20% glycerol, Na-citrate pH 5.6 and 0.01M adenosine-5 - ...詳細: hanging drops formed from mixing a 1:1 volume ratio of 20mg/ml protein with an equilibration buffer consisting of 20% PEG6000, 20% glycerol, Na-citrate pH 5.6 and 0.01M adenosine-5 -triphosphate disodium salt (ATP) as an additive., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→99 Å / Num. all: 19209 / Num. obs: 19209 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Χ2: 1.018 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.357 / Num. unique all: 1888 / Χ2: 1.064 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.455 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.339 Å / Origin y: 43.483 Å / Origin z: 17.002 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |