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- PDB-2flo: Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from E. coli O157:H7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2flo
タイトルCrystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from E. coli O157:H7
要素Exopolyphosphatase
キーワードHYDROLASE / exopolyphosphatase / PPX/GPPA / metaphosphatase / Structural Genomics / Bacterial Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


polyphosphate catabolic process / exopolyphosphatase / exopolyphosphatase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2260 / Exopolyphosphatase / Pyrophosphatase, GppA/Ppx-type / : / Ppx/GppA phosphatase, domain III / : / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Hypothetical protein af1432 ...Alpha-Beta Plaits - #2260 / Exopolyphosphatase / Pyrophosphatase, GppA/Ppx-type / : / Ppx/GppA phosphatase, domain III / : / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exopolyphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rangarajan, E.S. / Cygler, M. / Matte, A. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Structure of the Exopolyphosphatase (PPX) from Escherichia coli O157:H7 Suggests a Binding Mode for Long Polyphosphate Chains.
著者: Rangarajan, E.S. / Nadeau, G. / Li, Y. / Wagner, J. / Hung, M.N. / Schrag, J.D. / Cygler, M. / Matte, A.
履歴
登録2006年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exopolyphosphatase
B: Exopolyphosphatase
C: Exopolyphosphatase
D: Exopolyphosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,8534
ポリマ－240,8534
非ポリマー00
水11,349630
1
A: Exopolyphosphatase
B: Exopolyphosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4272
ポリマ－120,4272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Exopolyphosphatase
D: Exopolyphosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,4272
ポリマ－120,4272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.547, 132.139, 107.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Exopolyphosphatase / ExopolyPase / Metaphosphatase


分子量: 60213.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ppx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFL8, exopolyphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 5% PEG350, 0.1M Na Citrate (pH 4.6) and 5% MPD., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C10.9801
シンクロトロンNSLS X29A21.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2005年9月5日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年10月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiliconeSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SiliconeSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98011
21.11
反射解像度: 2.04→104.257 Å / Num. all: 128211 / Num. obs: 119378 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique all: 5533 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 33.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Map obtained from peak wavelength used for orientation corresponding to the present dataset.

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.57 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 6490 5.1 %RANDOM
Rwork0.20248 ---
all0.2047 128211 --
obs0.20477 121721 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å2-1.26 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15835 0 0 630 16465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02216160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.95821821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56251979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34423.545787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.159152935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5615148
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.27464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.211020
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8841.510234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.381215813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18536752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4934.56008
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 390 -
Rwork0.243 7492 -
obs--82.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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