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万見
- PDB-2fld: I-MsoI Re-Designed for Altered DNA Cleavage Specificity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fld
タイトルI-MsoI Re-Designed for Altered DNA Cleavage Specificity
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
  • DNA ENDONUCLEASE I-MSOI
キーワードHYDROLASE/DNA / homing endonuclease / dna / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Site-specific DNA endonuclease I-MsoI / :
類似検索 - 構成要素
生物種Monomastix sp. (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ashworth, J. / Duarte, C.M. / Havranek, J.J. / Sussman, D. / Monnat, R.J. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity.
著者: Ashworth, J. / Havranek, J.J. / Duarte, C.M. / Sussman, D. / Monnat, R.J. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2006年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年9月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ..._reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
A: DNA ENDONUCLEASE I-MSOI
B: DNA ENDONUCLEASE I-MSOI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7157
ポリマ－52,6124
非ポリマー1033
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.961, 42.981, 71.545
Angle α, β, γ (deg.)72.29, 72.30, 70.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'


分子量: 7435.791 Da / 分子数: 1 / 変異: L28K, R83T / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'


分子量: 7306.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA ENDONUCLEASE I-MSOI


分子量: 18934.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Monomastix sp. (植物) / 株: OKE-1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8WKW7, UniProt: C0JWR6*PLUS

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非ポリマー , 3種, 100分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 400, 100 mM Tris, 50 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
130% PEG 400, 100 mM Tris,50 mM NaCl, 10 mM CaCl211
230% PEG 400, 100 mM Tris,50 mM NaCl, 10 mM CaCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月1日
放射モノクロメーター: single crystal, cylindrical ben / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.5 Å / Num. obs: 27855 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M5X, MUTATED RESIDUES EXCLUDED

1m5x


解像度: 2→39.5 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1257 4.3 %
Rwork0.229 --
obs0.229 26086 88.3 %
all-54004 -
溶媒の処理Bsol: 25.02 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.756 Å21.354 Å2-3.575 Å2
2--12.513 Å2-6.07 Å2
3---13.243 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 978 3 97 3711
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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