PDB-2fkw: Structure of LH2 from Rps. acidophila crystallized in lipidic mes...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fkw

タイトル

Structure of LH2 from Rps. acidophila crystallized in lipidic mesophases

要素

(Light-harvesting protein B-800/850, ...) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PHOTOSYNTHESIS / Light Harvesting Complex B800-B850 / Lipidic Mesophase / crystallization / cubic phase / sponge phase / LDAO / rhodopin glucoside carotenoid

機能・相同性

機能・相同性情報

organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Papiz, M.Z. / Cherezov, V. / Clogston, J. / Caffrey, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Room to Move: Crystallizing Membrane Proteins in Swollen Lipidic Mesophases
著者: Cherezov, V. / Clogston, J. / Papiz, M.Z. / Caffrey, M.

履歴

登録	2006年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2016年3月30日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/2fkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/2fkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nkzS 1nzu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nkz-1 5oui-d 5kzu-d 5afn-d 5oug-d 3sh1-2 5ke4-d 5afh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

B: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

C: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

D: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

E: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

F: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

G: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

H: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

I: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

J: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

K: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

L: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

M: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

N: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

O: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

P: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

R: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

S: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

ヘテロ分子

130 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.443, 126.384, 129.705
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	CXM	CXM	LYS	LYS	A	A	1 - 50	1 - 50
2	1	CXM	CXM	LYS	LYS	C	C	1 - 50	1 - 50
3	1	CXM	CXM	LYS	LYS	E	E	1 - 50	1 - 50
4	1	CXM	CXM	LYS	LYS	G	G	1 - 50	1 - 50
5	1	CXM	CXM	LYS	LYS	I	I	1 - 50	1 - 50
6	1	CXM	CXM	LYS	LYS	K	K	1 - 50	1 - 50
7	1	CXM	CXM	LYS	LYS	M	M	1 - 50	1 - 50
8	1	CXM	CXM	LYS	LYS	O	O	1 - 50	1 - 50
9	1	CXM	CXM	LYS	LYS	R	Q	1 - 50	1 - 50
1	2	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	1 - 41	1 - 41
2	2	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	1 - 41	1 - 41
3	2	ALA	ALA	HIS	HIS	F	F	1 - 41	1 - 41
4	2	ALA	ALA	HIS	HIS	H	H	1 - 41	1 - 41
5	2	ALA	ALA	HIS	HIS	J	J	1 - 41	1 - 41
6	2	ALA	ALA	HIS	HIS	L	L	1 - 41	1 - 41
7	2	ALA	ALA	HIS	HIS	N	N	1 - 41	1 - 41
8	2	ALA	ALA	HIS	HIS	P	P	1 - 41	1 - 41
9	2	ALA	ALA	HIS	HIS	S	R	1 - 41	1 - 41
1	3	BCL	BCL	BCL	BCL	A	S - T	1501 - 1701
2	3	BCL	BCL	BCL	BCL	C	Y - Z	1502 - 1702
3	3	BCL	BCL	BCL	BCL	E	FA - GA	1503 - 1703
4	3	BCL	BCL	BCL	BCL	G	MA - NA	1504 - 1704
5	3	BCL	BCL	BCL	BCL	I	TA - UA	1505 - 1705
6	3	BCL	BCL	BCL	BCL	K	BB - CB	1506 - 1706
7	3	BCL	BCL	BCL	BCL	M	IB - JB	1507 - 1707
8	3	BCL	BCL	BCL	BCL	O	PB - QB	1508 - 1708
9	3	BCL	BCL	BCL	BCL	R	WB - XB	1509 - 1709
1	4	RG1	RG1	RG1	RG1	R	VB	1401
2	4	RG1	RG1	RG1	RG1	D	CA	1402
3	4	RG1	RG1	RG1	RG1	F	JA	1403
4	4	RG1	RG1	RG1	RG1	H	QA	1404
5	4	RG1	RG1	RG1	RG1	J	YA	1405
6	4	RG1	RG1	RG1	RG1	L	FB	1406
7	4	RG1	RG1	RG1	RG1	N	MB	1407
8	4	RG1	RG1	RG1	RG1	P	SB	1408
9	4	RG1	RG1	RG1	RG1	S	BC	1409

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

The biological assembly is a nonamer which is also the asymmetric unit of the cell.

-
Light-harvesting protein B-800/850, ... , 2種, 18分子 ACEGIKMORBDFHJLNPS

#1: タンパク質	Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain / Antenna pigment protein / alpha chain 分子量: 5702.733 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 10050 / 参照: UniProt: P26789
#2: タンパク質・ペプチド	Light-harvesting protein B-800/850, beta chain / Antenna pigment protein / beta chain 分子量: 4559.203 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 10050 / 参照: UniProt: P26790

-
糖 , 1種, 9分子

#5: 糖	ChemComp-RG1 / Rhodopin b-D-glucoside / (3E)-3,4-didehydro-1',2'-dihydro-psi,psi-caroten-1'-yl beta-D-glucopyranoside タイプ: D-saccharide / 分子量: 715.013 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₆₆O₆

-
非ポリマー , 3種, 667分子

#3: 化合物	... ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆
#4: 化合物	... ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.95 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 8 詳細: 200 microlitres of 40 %(w/w) protein, 0.05 %(w/v) LDAO, 20mM Tris/HCl and 60 %(w/w) monoolein mixed with 2 microlitres of precipitant: 20 %(w/v) pentaerythritol propoxylate, 0.1 M potassium ...詳細: 200 microlitres of 40 %(w/w) protein, 0.05 %(w/v) LDAO, 20mM Tris/HCl and 60 %(w/w) monoolein mixed with 2 microlitres of precipitant: 20 %(w/v) pentaerythritol propoxylate, 0.1 M potassium formate, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.0, Mesophase crystallization, lipidic cubic phase, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.95 %

結晶化

温度: 293 K / pH: 8
詳細: 200 microlitres of 40 %(w/w) protein, 0.05 %(w/v) LDAO, 20mM Tris/HCl and 60 %(w/w) monoolein mixed with 2 microlitres of precipitant: 20 %(w/v) pentaerythritol propoxylate, 0.1 M potassium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9124 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9124 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.449→90.536 Å / Num. all: 49999 / Num. obs: 49795 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3208 / R_sym value: 0.568 / % possible all: 98.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1NKZ

1nkz

解像度: 2.45→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.103 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.575 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25367	2498	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18282	-	-	-
obs	0.18651	48989	99.78 %	-
all	-	49999	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	2682	613	9829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.021	9594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	9774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	2.259	13347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3	22401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.963	5	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.173	23.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.044	15	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.639	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.784	0.2	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	9639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.334	0.2	3517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	12911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.101	0.2	5296
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.353	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.382	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.175	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.325	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.26	1.5	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.319	1.5	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.016	2	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.866	3	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.217	4.5	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	292	tight positional	0.08	0.05
1	2	C	292	tight positional	0.07	0.05
1	3	E	292	tight positional	0.08	0.05
1	4	G	292	tight positional	0.09	0.05
1	5	I	292	tight positional	0.1	0.05
1	6	K	292	tight positional	0.08	0.05
1	7	M	292	tight positional	0.09	0.05
1	8	O	292	tight positional	0.08	0.05
1	9	R	292	tight positional	0.09	0.05
2	1	B	242	tight positional	0.07	0.05
2	2	D	242	tight positional	0.06	0.05
2	3	F	242	tight positional	0.08	0.05
2	4	H	242	tight positional	0.06	0.05
2	5	J	242	tight positional	0.07	0.05
2	6	L	242	tight positional	0.07	0.05
2	7	N	242	tight positional	0.06	0.05
2	8	P	242	tight positional	0.07	0.05
2	9	S	242	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	468	loose positional	0.49	5
1	2	C	468	loose positional	0.54	5
1	3	E	468	loose positional	0.5	5
1	4	G	468	loose positional	0.51	5
1	5	I	468	loose positional	0.63	5
1	6	K	468	loose positional	0.41	5
1	7	M	468	loose positional	0.6	5
1	8	O	468	loose positional	0.47	5
1	9	R	468	loose positional	0.45	5
2	1	B	387	loose positional	0.38	5
2	2	D	387	loose positional	0.45	5
2	3	F	387	loose positional	0.49	5
2	4	H	387	loose positional	0.33	5
2	5	J	387	loose positional	0.45	5
2	6	L	387	loose positional	0.43	5
2	7	N	387	loose positional	0.41	5
2	8	P	387	loose positional	0.43	5
2	9	S	387	loose positional	0.34	5
3	1	A	423	loose positional	0.68	5
3	2	C	423	loose positional	0.69	5
3	3	E	423	loose positional	0.57	5
3	4	G	423	loose positional	0.83	5
3	5	I	423	loose positional	0.67	5
3	6	K	423	loose positional	0.82	5
3	7	M	423	loose positional	0.76	5
3	8	O	423	loose positional	0.73	5
3	9	R	423	loose positional	0.72	5
4	4	B	115	loose positional	0.42	5
4	2	D	115	loose positional	0.47	5
4	3	F	115	loose positional	0.41	5
4	4	H	115	loose positional	0.45	5
4	5	J	115	loose positional	0.31	5
4	6	L	115	loose positional	0.4	5
4	7	N	115	loose positional	0.33	5
4	8	P	115	loose positional	0.43	5
4	9	S	115	loose positional	0.39	5
1	1	A	292	tight thermal	0.3	0.5
1	2	C	292	tight thermal	0.31	0.5
1	3	E	292	tight thermal	0.26	0.5
1	4	G	292	tight thermal	0.3	0.5
1	5	I	292	tight thermal	0.3	0.5
1	6	K	292	tight thermal	0.3	0.5
1	7	M	292	tight thermal	0.26	0.5
1	8	O	292	tight thermal	0.24	0.5
1	9	R	292	tight thermal	0.31	0.5
2	1	B	242	tight thermal	0.32	0.5
2	2	D	242	tight thermal	0.29	0.5
2	3	F	242	tight thermal	0.34	0.5
2	4	H	242	tight thermal	0.24	0.5
2	5	J	242	tight thermal	0.26	0.5
2	6	L	242	tight thermal	0.4	0.5
2	7	N	242	tight thermal	0.27	0.5
2	8	P	242	tight thermal	0.23	0.5
2	9	S	242	tight thermal	0.31	0.5
1	1	A	468	loose thermal	2.3	10
1	2	C	468	loose thermal	1.87	10
1	3	E	468	loose thermal	1.78	10
1	4	G	468	loose thermal	1.65	10
1	5	I	468	loose thermal	2.3	10
1	6	K	468	loose thermal	1.77	10
1	7	M	468	loose thermal	1.67	10
1	8	O	468	loose thermal	1.7	10
1	9	R	468	loose thermal	1.78	10
2	1	B	387	loose thermal	2.36	10
2	2	D	387	loose thermal	2.72	10
2	3	F	387	loose thermal	2.95	10
2	4	H	387	loose thermal	2.24	10
2	5	J	387	loose thermal	1.99	10
2	6	L	387	loose thermal	3.28	10
2	7	N	387	loose thermal	1.69	10
2	8	P	387	loose thermal	2.46	10
2	9	S	387	loose thermal	2.3	10
3	1	A	423	loose thermal	5.12	10
3	2	C	423	loose thermal	2.8	10
3	3	E	423	loose thermal	5.17	10
3	4	G	423	loose thermal	3.53	10
3	5	I	423	loose thermal	4.15	10
3	6	K	423	loose thermal	4.49	10
3	7	M	423	loose thermal	3.28	10
3	8	O	423	loose thermal	3.9	10
3	9	R	423	loose thermal	4.96	10
4	4	B	115	loose thermal	2.58	10
4	2	D	115	loose thermal	4.47	10
4	3	F	115	loose thermal	2.05	10
4	4	H	115	loose thermal	3.46	10
4	5	J	115	loose thermal	2.79	10
4	6	L	115	loose thermal	3.97	10
4	7	N	115	loose thermal	3.08	10
4	8	P	115	loose thermal	3.66	10
4	9	S	115	loose thermal	2.76	10

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	170	-
R_work	0.242	3208	-
obs	-	-	98.25 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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