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- PDB-1nkz: Crystal structure of LH2 B800-850 from Rps. acidophila at 2.0 Ang... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkz
タイトルCrystal structure of LH2 B800-850 from Rps. acidophila at 2.0 Angstrom resolution
要素(Light-harvesting protein B-800/850, ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / LIGHT HARVESTING COMPLEX II / TRANS-MEMBRANE HELICES / RHODOPIN GLUCOSIDE / BACTERIOCHLOROPHYLL A / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #250 / Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BENZAMIDINE / Rhodopin b-D-glucoside / Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain / Light-harvesting protein B-800/850 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodoblastus acidophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Papiz, M.Z. / Prince, S.M. / Howard, T. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The structure and thermal motion of the B800-850 LH2 complex from Rps. acidophila at 2.0 A resolution and 100K : new structural features and functionally relevant motions.
著者: Papiz, M.Z. / Prince, S.M. / Howard, T. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of an integral membrane light-harvesting complex from photosynthetic bacteria.
著者: McDermott, G. / Prince, S.M. / Freer, A.A. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / Papiz, M.Z. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Pigment-pigment interactions and energy transfer in the antenna complex of the photosynthetic bacterium Rps. acidophila.
著者: Freer, A.A. / Prince, S.M. / Sauer, K. / Papiz, M.Z. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / McDermott, G. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Apoprotein Structure in the LH2 complex from Rhodopseudomonas acidophila Strain 10050: Modular assembly and protein pigment interactions
著者: Prince, S.M. / Papiz, M.Z. / Freer, A.A. / McDermott, G. / Hawthornthwaite-Lawless, A.M. / Cogdell, R.J. / Isaacs, N.W.
履歴
登録2003年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Data collection
改定 1.42016年3月30日Group: Non-polymer description
改定 1.52017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.62020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.82024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
改定 1.92024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 11SEQUENCE FOR REFINEMENT OF NCS AND TLS GROUPS IT WAS NECESSARY TO GIVE ALL ATOMS CHAIN IDENTIFIERS. ...SEQUENCE FOR REFINEMENT OF NCS AND TLS GROUPS IT WAS NECESSARY TO GIVE ALL ATOMS CHAIN IDENTIFIERS. TO CONFORM TO PDB NAMIING CONVENTIONS MOLECULES WHICH HAVE BEEN REDEFINED AS HETATM's IN THIS DEPOSITION HAVE HAD THEIR CHAIN ID'S REMOVED AND RESIDUES RENUMBERED. IT IS POSSIBLE TO RELATE THE NCS AND TLS IDENTIFIERS ABOVE WITH THE NEW HETATM RESIDUE NUMBERS IN THE FOLLOWING WAY: ATOM CHAIN RESIDUE HETATM RESIDUE 1 1 301 2 1 302 3 1 303 4 1 304 5 1 305 6 1 306 7 1 307 8 1 308 9 1 309 S 1 401 T 1 402 U 1 403 V 1 404 X 1 405 Y 1 406

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
C: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
E: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,39430
ポリマ－30,7866
非ポリマー14,60824
水4,143230
1
A: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
C: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
E: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
ヘテロ分子

A: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
C: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
E: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
ヘテロ分子

A: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
C: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
E: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,18290
ポリマ－92,35718
非ポリマー43,82572
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area103020 Å2
ΔGint-512 kcal/mol
Surface area36200 Å2
手法PISA
2
A: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
B: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
C: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
D: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
E: Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
F: Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,365180
ポリマ－184,71536
非ポリマー87,650144
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area215350 Å2
ΔGint-1073 kcal/mol
Surface area63090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.052, 117.052, 298.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21C
31E
12B
22D
32F
13A
23C
33E
14B
24D
34F
15A
25C
35E
16B
26D
36F
17A
27C
37E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CXMCXMALAALA4AA1 - 531 - 53
21CXMCXMALAALA4CC1 - 531 - 53
31CXMCXMALAALA4EE1 - 531 - 53
12ALAALAHISHIS4BB1 - 411 - 41
22ALAALAHISHIS4DD1 - 411 - 41
32ALAALAHISHIS4FF1 - 411 - 41
13BCLBCLBCLBCL1AI301
23BCLBCLBCLBCL1CQ303
33BCLBCLBCLBCL1EZ305
14BCLBCLBCLBCL1BL302
24BCLBCLBCLBCL1DU304
34BCLBCLBCLBCL1FDA306
15BCLBCLBCLBCL1AJ307
25BCLBCLBCLBCL1CR308
35BCLBCLBCLBCL1EAA309
16RG1RG1RG1RG11BK401
26RG1RG1RG1RG11DT402
36RG1RG1RG1RG11CM403
17RG1RG1RG1RG11AG404
27RG1RG1RG1RG11CN405
37RG1RG1RG1RG11EV406

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
詳細The biological assembly is a nonamer generated, from three copies in the asymmetric unit, by the operations: -y, x-y, z and y-x, -x, z.

-
要素

-
Light-harvesting protein B-800/850, ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain / Antenna pigment protein / alpha chain


分子量: 5702.733 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell membrane / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 10050 / 参照: UniProt: P26789
#2: タンパク質・ペプチド Light-harvesting protein B-800/850, beta chain / Antenna pigment protein / beta chain


分子量: 4559.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodoblastus acidophilus (バクテリア) / 株: 10050 / 参照: UniProt: P26790

-
糖 , 2種, 12分子

#3: 糖
ChemComp-RG1 / Rhodopin b-D-glucoside / (3E)-3,4-didehydro-1',2'-dihydro-psi,psi-caroten-1'-yl beta-D-glucopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 715.013 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C46H66O6
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Antenna pigment protein / beta chain / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 242分子

#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3
詳細: 1.0 M Phosphate, 2.5% Benzamidine, 0.75 % Beta-octylglucoside, 25-250 mM NaCl equilibrated against 2.3 M Ammonium Sulphate at pH 9.5, pH 9.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 9.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Papiz, M.Z., (1989) J. Mol. Biol., 209, 833.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.9 Mphosphate1drop
23 %benzamidine hydrochloride1drop
32.4 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年6月25日
詳細: VERTICALLY FOCUSING 1.2M Si MIRROR, MONOCHROMATED WITH A HORIZONTALLY FOCUSED Si(111) CRYSTAL
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33 Å / Num. all: 49320 / Num. obs: 48976 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95
反射
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
Num. unique obs: 2431

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
直接法モデル構築
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1KZU

1kzu


解像度: 2→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.027 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Combined TLS and Isotropic refinement
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19006 2431 4.7 %RANDOM
Rwork0.16943 ---
obs0.1704 48976 99.3 %-
all-52374 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20.51 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----1.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.105 Å0.109 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 1053 230 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0140.023170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6212.2864642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.50837235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4845273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.5120.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.023356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.040.02632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.2778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2690.23729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1070.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3420.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3580.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3690.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4080.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.51407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48722250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94131928
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.614.52386
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
31A141tight positional0.020.05
32C141tight positional0.020.05
33E141tight positional0.020.05
41B141tight positional0.020.05
42D141tight positional0.020.05
43F141tight positional0.020.05
51A141tight positional0.020.05
52C141tight positional0.020.05
53E141tight positional0.020.05
61B116tight positional0.020.05
62D116tight positional0.020.05
63F116tight positional0.020.05
71A88tight positional0.260.05
72C88tight positional0.130.05
73E88tight positional0.130.05
11A799medium positional0.150.5
12C799medium positional0.250.5
13E799medium positional0.160.5
21B626medium positional0.10.5
22D626medium positional0.080.5
23F626medium positional0.080.5
31A141tight thermal0.110.5
32C141tight thermal0.120.5
33E141tight thermal0.120.5
41B141tight thermal0.130.5
42D141tight thermal0.10.5
43F141tight thermal0.120.5
51A141tight thermal0.10.5
52C141tight thermal0.10.5
53E141tight thermal0.090.5
61B116tight thermal0.090.5
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63F116tight thermal0.130.5
71A88tight thermal0.080.5
72C88tight thermal0.050.5
73E88tight thermal0.050.5
11A799medium thermal0.352
12C799medium thermal0.352
13E799medium thermal0.322
21B626medium thermal0.432
22D626medium thermal0.412
23F626medium thermal0.332
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.208 170
Rwork0.184 3408
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.78611.5384-1.56323.6982-0.10272.741-0.0087-0.44730.15160.427-0.1124-0.248-0.13430.35850.1210.1828-0.0817-0.13240.2819-0.01090.168523.2779.89943.949
21.08430.3016-0.39621.02950.796412.87790.0913-0.09910.02380.0936-0.0275-0.08710.0656-0.0528-0.06370.0718-0.0247-0.0420.14480.02820.090217.8890.18325.707
33.08521.395-0.20612.4243-1.58355.4563-0.25730.4113-0.3159-1.17420.1516-0.73550.43270.51330.10560.2004-0.00110.07270.2633-0.01340.150624.255-9.183.274
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611.1729-6.7754-3.461710.8808-0.102811.94750.32880.12270.3634-0.5962-0.1598-0.4978-0.36580.7121-0.16890.1165-0.04510.0630.41720.01560.2631.5912.1458.12
71.68761.1380.0473.73070.98382.46980.0019-0.17080.03510.0881-0.0016-0.22510.19090.2951-0.00020.08920.0165-0.04840.20040.04640.110423.755-5.08423.557
83.39561.1086-1.19387.0881-1.850312.13940.09-0.23110.18980.428-0.107-0.1925-0.65540.52020.0170.1032-0.0584-0.05010.23110.01060.133626.9176.04622.465
914.7662.0545-3.0632.19563.83677.414-0.05350.8303-0.3323-0.29590.167-0.3806-0.49670.0864-0.11350.2013-0.0821-0.07680.30950.03360.195228.29810.65530.765
102.021-0.74472.59865.8864-2.5262.80010.0889-0.0987-0.05720.3515-0.0407-0.3832-0.14110.2147-0.04830.0884-0.0348-0.07120.26640.01690.125624.1752.6132.399
112.54441.07740.1175.348-1.80764.5078-0.1202-0.44530.25880.24640.0584-0.0552-0.43020.01190.06170.2283-0.0465-0.07590.279-0.10380.1511.49422.75243.914
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144.254613.02772.931342.8754-2.257112.33180.2612-0.8173-0.0420.3365-0.25850.6903-0.14630.0616-0.00270.3052-0.0212-0.07230.4639-0.07550.177313.38119.87652.07
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1619.0544-3.2887-3.28937.10651.223915.17320.42340.55210.2291-0.374-0.2384-0.0366-0.9590.1754-0.18490.2985-0.15520.04410.25590.05790.249522.84221.8918.115
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201.0354-1.3312-0.88122.36520.0884-0.9485-0.1658-0.2210.2620.0989-0.0149-0.2659-0.3609-0.02570.18070.135-0.0848-0.05080.1956-0.02850.131416.79617.55232.388
213.4097-0.5226-0.61064.8744-0.97233.3374-0.047-0.65760.34980.3073-0.01020.1439-0.4569-0.08630.05710.23930.0426-0.01140.2787-0.15150.1648-5.7524.84443.929
221.15890.1659-0.62680.986-0.075712.5230.0196-0.140.09160.07510.0230.0538-0.00710.0182-0.04260.1148-0.0031-0.02850.1004-0.03920.08892.89917.71125.719
238.6244-1.8711.52455.67860.63365.88970.14180.91590.5426-0.6346-0.2848-0.4148-0.53990.52280.14310.2617-0.03330.01410.21630.07660.125713.23522.2793.293
249.013-16.26862.870647.1547-1.55438.64180.6425-0.4893-0.26010.9928-0.9990.5151-0.2753-0.03730.35650.3337-0.0433-0.02410.5119-0.11870.1423-2.5123.93252.115
251.87660.4516-1.77061.2498-0.19999.2564-0.006-0.24390.31680.0758-0.0593-0.0702-0.86330.23390.06530.3278-0.0137-0.0590.1097-0.1020.20893.67131.56931.745
2615.59655.7647-1.84478.0616-0.477911.2701-0.00030.4720.5512-0.31690.25780.3891-0.5948-0.2259-0.25750.4082-0.01670.0040.12850.06840.27673.4231.458.123
273.5315-0.7906-1.03461.46531.22853.29220.0267-0.16690.22080.0326-0.0448-0.0509-0.19260.18210.01810.1721-0.0526-0.05930.1081-0.03960.09789.11322.51723.544
285.4276-1.10422.46744.3573-0.345913.482-0.0972-0.45390.27750.20840.02560.1248-0.5681-0.73610.07160.21770.0108-0.03030.1427-0.05890.1437-1.30727.61122.448
291.7513-0.9384-3.917815.71210.40065.11580.11910.27690.3819-1.0270.0457-0.3659-0.4382-0.4705-0.16480.33860.032-0.02040.2451-0.07780.2149-5.57529.80630.731
307.96781.84828.75393.40024.976514.7125-0.1355-0.46720.51060.0024-0.0851-0.0176-0.5105-0.37580.22060.1965-0.0326-0.00780.1403-0.06240.12531.60224.34232.386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 121 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2AA13 - 3713 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3AA38 - 5338 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4BB1 - 61 - 6
5X-RAY DIFFRACTION5BB7 - 347 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6BB35 - 4135 - 41
7X-RAY DIFFRACTION7AS3011
8X-RAY DIFFRACTION8BT3021
9X-RAY DIFFRACTION9AY3071
10X-RAY DIFFRACTION10BG4011
11X-RAY DIFFRACTION11CC1 - 121 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12CC13 - 3713 - 37
13X-RAY DIFFRACTION13CC38 - 5338 - 53
14X-RAY DIFFRACTION14DD1 - 61 - 6
15X-RAY DIFFRACTION15DD7 - 347 - 34
16X-RAY DIFFRACTION16DD35 - 4135 - 41
17X-RAY DIFFRACTION17CU3031
18X-RAY DIFFRACTION18DV3041
19X-RAY DIFFRACTION19CZ3081
20X-RAY DIFFRACTION20DH4021
21X-RAY DIFFRACTION21EE1 - 121 - 12
22X-RAY DIFFRACTION22EE13 - 3713 - 37
23X-RAY DIFFRACTION23EE38 - 5338 - 53
24X-RAY DIFFRACTION24FF1 - 61 - 6
25X-RAY DIFFRACTION25FF7 - 347 - 34
26X-RAY DIFFRACTION26FF35 - 4135 - 41
27X-RAY DIFFRACTION27EW3051
28X-RAY DIFFRACTION28FX3061
29X-RAY DIFFRACTION29EAA3091
30X-RAY DIFFRACTION30CI4031
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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