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- PDB-2fkm: PMM/PGM S108D mutant with alpha-d-glucose 1,6-bisphosphate bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fkm
タイトルPMM/PGM S108D mutant with alpha-d-glucose 1,6-bisphosphate bound
要素Phosphomannomutase/phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / alpha/beta protein / enzyme-metal complex / enzyme-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / alginic acid biosynthetic process / O antigen biosynthetic process / GDP-mannose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III ...Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / Phosphomannomutase/phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Regni, C.A. / Beamer, L.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The reaction of phosphohexomutase from Pseudomonas aeruginosa: structural insights into a simple processive enzyme.
著者: Regni, C. / Schramm, A.M. / Beamer, L.J.
履歴
登録2006年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Phosphomannomutase/phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6523
ポリマ－50,2471
非ポリマー4052
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.222, 70.356, 84.392
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphomannomutase/phosphoglucomutase / PMM / PGM


分子量: 50247.168 Da / 分子数: 1 / 変異: s108d / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: AlgC / プラスミド: PET3-A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26276, phosphomannomutase
#2: 糖 ChemComp-G16 / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O12P2
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50-60% sat Na K tartrate, .1 M Na Hepes pH 7.5 seeding used, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97909 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.83 Å / Num. all: 33627 / Num. obs: 33583 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.49 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.9 / Scaling rejects: 1647
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3296 / Χ2: 1.22 / % possible all: 99.4

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.679 / Packing: 0.669
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct99.6 0
Translation4 Å15 Ågeneral99.6 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
CNS精密化
d*TREK9.3LDzデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id 1P5D

1p5d


解像度: 1.9→42.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.169 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1699 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.205 33583 --
obs0.205 33583 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 21 234 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.9714728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76137473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8555455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17523.957139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10715539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.741523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.23549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.52890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1091.5932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66823611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76641392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.48461117
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.003 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 223 -
Rwork0.236 4592 -
obs-4815 99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5465-0.8562-1.30211.22280.4880.9949-0.0651-0.27290.11260.10080.1259-0.0881-0.05110.1509-0.0608-0.1081-0.0187-0.0067-0.12080.0008-0.15325.416474.347225.41
20.46010.108-0.14642.2056-0.55840.7607-0.003-0.0372-0.03710.08020.04230.23880.0109-0.0936-0.0393-0.1454-0.00530.0082-0.11320.0038-0.1503-11.387562.968329.9302
36.4394-0.22730.19821.84890.33773.0838-0.0139-0.3832-0.03240.2318-0.04180.0346-0.0314-0.12350.0557-0.12540.00240.0025-0.128-0.0039-0.172-0.731456.017849.6879
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: X

IDRefine TLS-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11A10 - 2569 - 255
22A257 - 368256 - 367
33A369 - 463368 - 462
43B4641

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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