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- PDB-2fkk: Crystal structure of the C-terminal domain of the bacteriophage T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fkk
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of the bacteriophage T4 gene product 10
要素Baseplate structural protein Gp10
キーワードVIRAL PROTEIN / Bacteriophage T4 / Baseplate / Tail / Evolution / gp10 / Structural comparisons
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell
類似検索 - 分子機能
Baseplate wedge protein gp10 / : / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / PHOSPHITE ION / Baseplate wedge protein gp10
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Evolution of bacteriophage tails: Structure of T4 gene product 10.
著者: Petr G Leiman / Mikhail M Shneider / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: The success of tailed bacteriophages to infect cells far exceeds that of most other viruses on account of their specialized tail and associated baseplate structures. The baseplate protein gene ...The success of tailed bacteriophages to infect cells far exceeds that of most other viruses on account of their specialized tail and associated baseplate structures. The baseplate protein gene product (gp) 10 of bacteriophage T4, whose structure was determined to 1.2 A resolution, was fitted into the cryo-electron microscopy structures of the pre and post-infection conformations of the virus. gp10 functions as a molecular lever that rotates and extends the hinged short tail fibers to facilitate cell attachment. The central folding motif of the gp10 trimer is similar to that of the baseplate protein gp11 and to the receptor-binding domain of the short tail fiber, gp12. The three proteins comprise the periphery of the baseplate and interact with each other. The structural and functional similarities of gp10, gp11, and gp12 and their sequential order in the T4 genome suggest that they evolved separately, subsequent to gene triplication from a common ancestor. Such events are usual in the evolution of complex organelles from a common primordial molecule.
履歴
登録2006年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate structural protein Gp10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9628
ポリマ－22,4321
非ポリマー5297
水6,539363
1
A: Baseplate structural protein Gp10
ヘテロ分子

A: Baseplate structural protein Gp10
ヘテロ分子

A: Baseplate structural protein Gp10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,88524
ポリマ－67,2973
非ポリマー1,58821
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area26640 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.843, 69.843, 119.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

BR

21A-710-

PO3

31A-801-

TRS

41A-801-

TRS

51A-1016-

HOH

61A-1020-

HOH

71A-1048-

HOH

81A-1049-

HOH

91A-1050-

HOH

101A-1054-

HOH

111A-1213-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer. The second and third chains can be generated by using the symmetry operators of the crystallographic threefold axis: -y+1, x-y, z and y-x+1, -x+1, z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Baseplate structural protein Gp10 / Baseplate wedge protein 10


分子量: 22432.246 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: A442E, A530T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 株: D / 遺伝子: 10 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P10928

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非ポリマー , 5種, 370分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.3
詳細: 6% PEG1000, 8% PEG8000, 100 mM glycine-HCl pH 2.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月25日
詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated), Bent Ge(111) monochromator
放射モノクロメーター: Bent conical Si-mirror (Rh coated), Bent Ge(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 106155 / Num. obs: 105624 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5221 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: none

解像度: 1.2→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1364 2633 -RANDOM
Rwork0.119 ---
all0.12 105438 --
obs0.12 105438 97.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 29 363 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.128
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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