+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fiw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the GCN5-Related N-acetyltransferase: Aminotransferase, Class-II from Rhodopseudomonas palustris | ||||||
![]() | GCN5-related N-acetyltransferase:Aminotransferase, class-II | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha-beta-alpha sandwich / GCN4-related acetyltransferase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the GCN5-Related N-acetyltransferase: Aminotransferase, Class-II from Rhodopseudomonas palustris 著者: Kim, Y. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18262.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: CGA009 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.76 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M Ammonium Sulphate, 2% PEG400, 0.1 M Hepes Na pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97885 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 16474 / Num. obs: 13907 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1387 / % possible all: 98.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.07 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→25.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20 /
|