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- PDB-2fhx: Pseudomonas aeruginosa SPM-1 metallo-beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fhx
タイトルPseudomonas aeruginosa SPM-1 metallo-beta-lactamase
要素(SPM-1) x 2
キーワードHydrolase / METAL BINDING PROTEIN / metallo-beta-lactamase / dinuclear zinc / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Murphy, T.A. / Catto, L.E. / Halford, S.E. / Hadfield, A.T. / Minor, W. / Walsh, T.R. / Spencer, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa SPM-1 Provides Insights into Variable Zinc Affinity of Metallo-beta-lactamases.
著者: Murphy, T.A. / Catto, L.E. / Halford, S.E. / Hadfield, A.T. / Minor, W. / Walsh, T.R. / Spencer, J.
履歴
登録2005年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THIS STRUCTURE IS NUMBERED ACCORDING TO THE STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA- ...SEQUENCE THIS STRUCTURE IS NUMBERED ACCORDING TO THE STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA-LACTAMASES (GALLENI, M. ET AL. REMARK 999 (2001) "STANDARD NUMBERING SCHEME FOR CLASS B BETA-LACTAMASES". ANTIMICROB. AGENTS CHEMOTHER. MARCH, P. 660-663. DISCONTINUITIES IN SEQUENCE ARISE FROM APPLICATION OF THIS SCHEME AND ARE NOT A CONSEQUENCE OF UNRESOLVED REGIONS OF THE PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPM-1
B: SPM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,57810
ポリマ－55,1612
非ポリマー4168
水6,449358
1
A: SPM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8626
ポリマ－27,5891
非ポリマー2745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SPM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7164
ポリマ－27,5731
非ポリマー1433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.936, 126.936, 90.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SPM-1


分子量: 27588.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: 48-1997A / 遺伝子: blaSPM-1 / プラスミド: pK18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: GenBank: 38260156, UniProt: Q8G9Q0*PLUS, beta-lactamase
#2: タンパク質 SPM-1


分子量: 27572.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: 48-1997A / 遺伝子: blaSPM-1 / プラスミド: pK18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: GenBank: 38260156, UniProt: Q8G9Q0*PLUS, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 366分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris.Cl, 2.0M ammonium sulphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97948
シンクロトロンAPS 19-ID21.28348, 1.28402, 1.2574
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2003年2月26日
CUSTOM-MADE2CCD2003年2月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
21.283481
31.284021
41.25741
Reflection
冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)D res low (Å)% possible obs
1304940.0341.1312.683099.2
2.82303940.0311.0682.685098.7
2.83324050.0281.0522.625098.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.353099.410.0291.258
4.255.3599.210.0270.981
3.714.2599.410.0311.112
3.383.7199.410.0351.224
3.133.3899.410.0431.229
2.953.1399.110.0571.212
2.82.9599.210.0780.954
2.682.898.810.1161.075
5.775092.720.0251.2082.7
4.585.7799.820.0251.1892.8
44.5899.620.0261.1922.9
3.64499.620.0281.1232.9
3.383.6499.520.0311.1262.9
3.183.3899.520.0361.0012.9
3.023.1899.320.0430.9672.9
2.893.0299.420.0530.9272.9
2.782.899920.0670.9242.9
2.682.7898.920.0931.0482.7
5.645090.830.0231.1062.7
4.485.6499.830.0231.1052.8
3.914.4899.730.0241.0352.9
3.563.9199.630.0261.1132.9
3.33.5699.530.031.0482.9
3.113.399.530.0340.9822.9
2.953.1199.330.04212.9
2.822.9599.330.0520.9552.9
2.712.8299.330.0691.042.9
2.622.7194.830.0921.1592.7
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 42802 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.984
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.975.50.59942510.9271,2100
1.97-2.055.60.36743220.9081,2100
2.05-2.145.60.28642961.0051,2100
2.14-2.255.60.19842560.9971,2100
2.25-2.395.60.14842930.9231,2100
2.39-2.585.60.10342820.9291,2100
2.58-2.845.60.07642921.0211,2100
2.84-3.255.60.04742810.9821,2100
3.25-4.095.40.04543011.0841,2100
4.09-505.60.02742281.0751,298.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength11.2842.94-10.3
13 wavelength21.28355-4.34
13 wavelength31.25743.79-4.56
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1zn42.6030.4290.4850.0010.899
2zn35.3780.2980.4440.250.886
Phasing dmFOM : 0.56 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0 / 反射: 36677 / Reflection acentric: 36677 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
5.7-37.7570.960.9615221522
3.6-5.70.960.9648724872
2.9-3.60.870.8761596159
2.5-2.90.60.662026202
2.1-2.50.360.361104011040
2-2.10.180.1868826882

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.05位相決定
RESOLVE2.05位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.78 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2146 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.196 ---
obs-42499 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 20 358 4200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.9665358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7335494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68924.731167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37215691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9371515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22678
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.230.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8871.52516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38423967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.931640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8684.51388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.24434156
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.9673361
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.21933872
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 127 -
Rwork0.233 2880 -
obs-3007 100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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