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- PDB-2fhd: Crystal structure of Crb2 tandem tudor domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fhd
タイトルCrystal structure of Crb2 tandem tudor domains
要素DNA repair protein rhp9/CRB2
キーワードCELL CYCLE / Tamdem Tudor Domains
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / methylated histone binding / DNA damage checkpoint signaling ...SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / methylated histone binding / DNA damage checkpoint signaling / site of double-strand break / histone binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #810 / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / : / : / SH3 type barrels. - #140 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain ...SH3 type barrels. - #810 / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / : / : / SH3 type barrels. - #140 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / DNA repair protein crb2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lee, J. / Botuyan, M.V. / Thompson, J.R. / Mer, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural basis for the methylation state-specific recognition of histone H4-K20 by 53BP1 and Crb2 in DNA repair.
著者: Botuyan, M.V. / Lee, J. / Ward, I.M. / Kim, J.E. / Thompson, J.R. / Chen, J. / Mer, G.
履歴
登録2005年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,76613
ポリマ－52,8173
非ポリマー95010
水2,810156
1
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,53326
ポリマ－105,6336
非ポリマー1,89920
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z+1/31
crystal symmetry operation6_664-x+1,-x+y+1,-z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area10330 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area43430 Å2
手法PISA
2
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,53326
ポリマ－105,6336
非ポリマー1,89920
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_664-x+y+1,-x+1,z-2/31
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+2/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area43910 Å2
手法PISA
3
A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,53326
ポリマ－105,6336
非ポリマー1,89920
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area42450 Å2
手法PISA
4
A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子

A: DNA repair protein rhp9/CRB2
B: DNA repair protein rhp9/CRB2
C: DNA repair protein rhp9/CRB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,53326
ポリマ－105,6336
非ポリマー1,89920
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area9320 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area44450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.924, 116.924, 87.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein rhp9/CRB2 / RAD9 homolog


分子量: 17605.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: rhp9, crb2 / プラスミド: PTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 ROSETTA / 参照: GenBank: 1449177, UniProt: P87074*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-Na, 0.8M NaH2PO4, 0.8M KH2PO4, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97956
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月8日 / 詳細: OSMIC VARIMAX
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25798 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 6.701 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1393 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.196 25798 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3491 0 60 171 3722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0223613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6391.9644896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.175440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49322.961152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.16415641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2271525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2460.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.22418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4260.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5011.52238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50223592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.13431517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.954.51304
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 101 -
Rwork0.214 1859 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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