PDB-2fgy: Beta Carbonic Anhydrase from the Carboxysomal Shell of Halothioba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fgy

タイトル

Beta Carbonic Anhydrase from the Carboxysomal Shell of Halothiobacillus neapolitanus (CsoSCA)

要素

carboxysome shell polypeptide

キーワード

LYASE / beta class of carbonic anhydrase

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxysome / carbon fixation / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sawaya, M.R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structure of beta-carbonic anhydrase from the carboxysomal shell reveals a distinct subclass with one active site for the price of two.
著者: Sawaya, M.R. / Cannon, G.C. / Heinhorst, S. / Tanaka, S. / Williams, E.B. / Yeates, T.O. / Kerfeld, C.A.

履歴

登録	2005年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fgy.cif.gz	204.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fgy.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fgy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fgy_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fgy_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	2fgy_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	2fgy_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f73-d 7a0p-d 3k99-d 4c0d-d 5l8w-d 4psw-d 6yks-d 22990 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: carboxysome shell polypeptide

B: carboxysome shell polypeptide

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.738, 77.636, 82.714
Angle α, β, γ (deg.)	66.84, 78.82, 79.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	GLY	A	A	38 - 89	66 - 117
2	1	1	HIS	GLY	B	B	38 - 89	66 - 117
3	2	1	ASP	ASN	A	A	91 - 116	119 - 144
4	2	1	ASP	ASN	B	B	91 - 116	119 - 144
1	1	2	ILE	ASN	A	A	118 - 348	146 - 376
2	1	2	ILE	ASN	B	B	118 - 348	146 - 376
1	1	3	SER	ALA	A	A	350 - 514	378 - 542
2	1	3	SER	ALA	B	B	350 - 514	378 - 542

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

The biological assembly is a dimer. It is contained in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	carboxysome shell polypeptide 分子量: 60718.145 Da / 分子数: 2 / 変異: Y92H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌) 解説: Gene name is previously known as CsoS3 / 遺伝子: CsoSCA / プラスミド: pcsoS3ProEx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 3449369, UniProt: O85042*PLUS, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.0, 0.2M magnesium chloride, 10% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月8日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→90 Å / Num. all: 52342 / Num. obs: 52789 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / Χ²: 1.089
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Num. unique all: 5120 / Χ²: 1.215 / % possible all: 94.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.2 Å / D res low: 75.38 Å

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 52789

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
10.25-100	46.9	0.714	513
7.77-10.25	47.6	0.883	675
6.51-7.77	47.7	0.868	862
5.72-6.51	55	0.838	999
5.15-5.72	55.5	0.821	1085
4.73-5.15	54.7	0.847	1231
4.4-4.73	56.5	0.84	1312
4.13-4.4	59	0.808	1416
3.9-4.13	58.9	0.78	1511
3.71-3.9	66.3	0.762	1565
3.54-3.71	65.5	0.739	1655
3.39-3.54	64.8	0.753	1724
3.26-3.39	67.3	0.729	1816
3.15-3.26	70.8	0.704	1863
3.04-3.15	72.6	0.673	1938
2.95-3.04	73.3	0.693	1996
2.86-2.95	78.5	0.637	2032
2.78-2.86	88.4	0.594	2112
2.71-2.78	86.9	0.574	2201
2.64-2.71	88.7	0.587	2202
2.58-2.64	88.9	0.611	2245
2.52-2.58	90	0.599	2321
2.47-2.52	87.5	0.58	2414
2.42-2.47	88.5	0.532	2408
2.37-2.42	89.2	0.58	2484
2.32-2.37	90.7	0.565	2527
2.28-2.32	90.3	0.594	2547
2.24-2.28	90.6	0.575	2545
2.2-2.24	88	0.544	2590

Phasing MIR der

R cullis centric: 0 / Der set-ID: 1 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Power acentric	Reflection acentric
Mercury Chloride	3.3-100	0.81	36.4	1.13	15478
mersalyl	3-100	0.83	28.7	1.05	20545
PIP from isodifou using p	3.8-100	0.94	66.2	0.56	10176
native Zn from anodifou u	2.2-100	1	3.8	0	52337
iodide from isodifou usin	3.9-100	0.92	69.8	0.76	9374

Phasing MIR der shell

R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	R cullis acentric	Loc acentric	Power acentric	Reflection acentric
14.61	75.38	Mercury Chloride	0.47	28.5	2.58	161
8.09	14.61	Mercury Chloride	0.6	27.2	2.47	867
5.59	8.09	Mercury Chloride	0.63	24.9	2.27	2173
4.28	5.59	Mercury Chloride	0.77	33.3	1.35	3982
3.46	4.28	Mercury Chloride	0.88	41.4	0.81	6296
2.91	3.46	Mercury Chloride	0.92	43.9	0.62	1999
2.5	2.91	Mercury Chloride	0	0	0	0
2.2	2.5	Mercury Chloride	0	0	0	0
14.61	75.38	mersalyl	0.52	31.5	2.15	160
8.09	14.61	mersalyl	0.62	26.9	2.23	872
5.59	8.09	mersalyl	0.65	21.1	2.34	2172
4.28	5.59	mersalyl	0.76	26.1	1.45	3974
3.46	4.28	mersalyl	0.86	30	0.89	6297
2.91	3.46	mersalyl	0.94	31.4	0.59	7070
2.5	2.91	mersalyl	0	0	0	0
2.2	2.5	mersalyl	0	0	0	0
14.61	75.38	PIP from isodifou using p	0.87	92.1	0.8	164
8.09	14.61	PIP from isodifou using p	0.86	75.1	0.86	866
5.59	8.09	PIP from isodifou using p	0.88	53.9	0.91	2169
4.28	5.59	PIP from isodifou using p	0.96	65.1	0.52	3968
3.46	4.28	PIP from isodifou using p	0.98	72.7	0.32	3009
2.91	3.46	PIP from isodifou using p	0	0	0	0
2.5	2.91	PIP from isodifou using p	0	0	0	0
2.2	2.5	PIP from isodifou using p	0	0	0	0
14.61	75.38	native Zn from anodifou u	1	7.4	0	148
8.09	14.61	native Zn from anodifou u	1	7.8	0	799
5.59	8.09	native Zn from anodifou u	1	4.5	0	2168
4.28	5.59	native Zn from anodifou u	1	5.2	0	3901
3.46	4.28	native Zn from anodifou u	1	4.3	0	6296
2.91	3.46	native Zn from anodifou u	1	3	0	9410
2.5	2.91	native Zn from anodifou u	1	3.3	0	12906
2.2	2.5	native Zn from anodifou u	1	3.9	0	16709
14.61	75.38	iodide from isodifou usin	0.97	80.9	0.81	156
8.09	14.61	iodide from isodifou usin	0.97	75.8	0.82	871
5.59	8.09	iodide from isodifou usin	0.91	59.8	0.95	2173
4.28	5.59	iodide from isodifou usin	0.9	69.7	0.74	3977
3.46	4.28	iodide from isodifou usin	0.93	76.5	0.63	2197
2.91	3.46	iodide from isodifou usin	0	0	0	0
2.5	2.91	iodide from isodifou usin	0	0	0	0
2.2	2.5	iodide from isodifou usin	0	0	0	0

Phasing MIR der site

ID	Der-ID	B_iso (Å)	Atom type symbol	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Mercury Chloride	30.806	Hg	0.991	0.017	1	0.666
2	Mercury Chloride	37.723	Hg	1.354	-0.445	1.467	0.624
3	Mercury Chloride	67.399	Hg	1.319	-0.205	0.789	0.471
4	Mercury Chloride	59.044	Hg	1.307	-0.699	1.285	0.493
5	mersalyl	41.162	Hg	-0.005	0.014	0	0.648
6	mersalyl	50.634	Hg	1.356	0.556	0.466	0.554
7	mersalyl	68.796	Hg	1.323	0.796	0.787	0.39
8	mersalyl	68.278	Hg	1.304	0.3	1.286	0.424
9	PIP from isodifou using p	81.799	Pt	1.752	0.377	0.349	0.541
10	PIP from isodifou using p	65.227	Pt	1.16	0.236	0.372	0.652
11	PIP from isodifou using p	81.364	Pt	0.775	-0.133	0.85	0.621
12	PIP from isodifou using p	74.223	Pt	1.449	-0.123	0.726	0.588
13	native Zn from anodifou u	97.373	Zn	1.326	0.308	0.274	0
14	native Zn from anodifou u	114.13	Zn	0.796	-0.29	0.503	0
15	native Zn from anodifou u	100.96	Zn	2.067	-0.011	0.229	0
16	native Zn from anodifou u	105.77	Zn	1.299	-0.213	0.795	0
17	iodide from isodifou usin	60.7	I	1.344	0.247	0.721	0.425
18	iodide from isodifou usin	47.138	I	1.041	0.27	0.702	0.55
19	iodide from isodifou usin	44.284	I	1.319	-0.198	0.765	0.483
20	iodide from isodifou usin	27.562	I	1.326	0.274	0.29	0.66
21	iodide from isodifou usin	49.048	I	1.37	0.547	0.461	0.411
22	iodide from isodifou usin	-7.84	I	1.008	0.013	0.993	0.817

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→75.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 9.909 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	2656	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.171	52788	-	-
obs	0.171	52788	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.114 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0.8 Å²	0.13 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0.8 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→75.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7370	0	4	557	7931

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	7530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.951	10232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.186	5	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.166	23.529	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.473	15	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.326	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.307	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.924	1.5	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.475	2	7542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.482	3	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.918	4.5	2690

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	612	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	612	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
2	1735	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	1735	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
3	1306	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	1306	TIGHT THERMAL	0.18	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	186	-
R_work	0.217	3526	-
obs	-	3712	93.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5565	0.2109	1.1735	1.5354	1.4047	3.1076	0.0484	-0.1511	-0.1616	0.0165	-0.1692	0.2784	0.1932	-0.3987	0.1208	-0.0825	-0.0715	0.0431	-0.0143	0.0048	0.0098	12.6086	27.8848	48.0212
2	0.3168	0.4259	-0.3882	0.8448	-0.3956	1.5187	-0.007	-0.091	-0.0488	0.107	-0.0041	-0.0739	0.0083	0.1378	0.011	-0.0359	0.0462	-0.0168	-0.0272	0.0098	-0.0648	35.8114	45.54	62.0024
3	0.91	0.1312	-0.1002	0.9274	-0.2816	1.0995	-0.0116	0.0497	0.0012	-0.0417	0.0055	0.0374	0.0634	-0.022	0.0062	-0.0559	0.0066	-0.0006	-0.0525	-0.0135	-0.0266	25.8713	38.4194	39.258
4	1.0688	-1.5992	0.1681	3.1245	0.2022	0.7403	0.0606	0.2861	0.0846	-0.1253	0.0641	-0.2031	0.0441	0.1106	-0.1247	-0.0827	-0.0071	0.0721	0.0432	-0.0204	-0.0432	62.87	50.9087	11.1532
5	0.6923	-0.2627	-0.3812	0.7962	-0.375	1.0687	0.0352	0.1585	0.1139	-0.0344	-0.007	-0.0186	-0.0754	-0.0488	-0.0282	-0.0314	0.0055	-0.0129	-0.0292	0.0435	-0.0306	39.542	71.2066	20.722
6	1.1264	-0.0219	-0.0944	0.6602	-0.3167	0.8491	-0.0183	0.0501	-0.0914	-0.023	0.0039	-0.0184	0.0739	0.0314	0.0144	-0.0534	0.0045	0.0055	-0.011	-0.0226	-0.0379	49.4912	47.6401	24.4244

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	38 - 144	66 - 172
2	2	A	A	151 - 397	179 - 425
3	3	A	A	398 - 514	426 - 542
4	4	B	B	38 - 144	66 - 172
5	5	B	B	151 - 397	179 - 425
6	6	B	B	398 - 514	426 - 542

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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