[日本語] English
万見
- PDB-2fgt: Crystal Structure of YycH from Bacillus subtilis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fgt
タイトルCrystal Structure of YycH from Bacillus subtilis
要素Two-component system yycF/yycG regulatory protein yycH
キーワードSIGNALING PROTEIN / signal transduction / YycH / calcium binding / beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #310 / Regulatory protein YycH / YycH protein / YycH protein, domain 2 / Regulatory protein YycH/YycI , domain 2 / TATA-Binding Protein / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component system WalR/WalK regulatory protein YycH
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Szurmant, H. / Zhao, H. / Mohan, M.A. / James, H.A. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of YycH involved in the regulation of the essential YycFG two-component system in Bacillus subtilis reveals a novel tertiary structure.
著者: Szurmant, H. / Zhao, H. / Mohan, M.A. / Hoch, J.A. / Varughese, K.I.
履歴
登録2005年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Two-component system yycF/yycG regulatory protein yycH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9441
ポリマ－47,9441
非ポリマー00
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.578, 63.578, 192.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Two-component system yycF/yycG regulatory protein yycH


分子量: 47943.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: JH642 / 遺伝子: yycH / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q794W0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris_HCl, 18% PEG 3350, 100 mM calcium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.01978, 0.97958, 0.97625
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.019781
20.979581
30.976251
反射解像度: 2.3→38.35 Å / Num. all: 18254 / Num. obs: 18254 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1781 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1800 -random
Rwork0.251 ---
all0.255 18390 --
obs0.255 18254 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2964 0 0 94 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 306 -
Rwork0.269 --
obs-2688 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る