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万見
- PDB-2fgr: High resolution Xray structure of Omp32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fgr
タイトルHigh resolution Xray structure of Omp32
要素
  • Outer membrane porin protein 32
  • PAP
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Omp32 Porin Outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, Neisseria sp. type / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / ポリン (タンパク質) / Porin domain superfamily / ポリン (タンパク質) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin protein 32
類似検索 - 構成要素
生物種Delftia acidovorans (デルフチア・アシドボランス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zeth, K. / Zachariae, U. / Engelhardt, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: High resolution crystal structures and molecular dynamics studies reveal substrate binding in the porin omp32
著者: Zachariae, U. / Kluhspies, T. / De, S. / Engelhardt, H. / Zeth, K.
履歴
登録2005年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999The first residue is a pyroglutamate which might appear as GLN in Swissprot but we have it in the ...The first residue is a pyroglutamate which might appear as GLN in Swissprot but we have it in the opened form as Glu in the structure.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane porin protein 32
B: PAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0827
ポリマ－35,7692
非ポリマー3125
水7,350408
1
A: Outer membrane porin protein 32
B: PAP
ヘテロ分子

A: Outer membrane porin protein 32
B: PAP
ヘテロ分子

A: Outer membrane porin protein 32
B: PAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,24621
ポリマ－107,3086
非ポリマー93715
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.410, 106.410, 93.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

CA

21A-893-

HOH

31B-311-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane porin protein 32 / OMP32


分子量: 34848.602 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1E / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Delftia acidovorans (デルフチア・アシドボランス)
参照: UniProt: P24305
#2: タンパク質・ペプチド PAP


分子量: 920.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0053 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0053 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 92517 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.021 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 4618 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.151 96291 --
obs0.151 92517 96.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.29 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2527 0 13 408 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0212580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.953481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92635237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4875338
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2850.22766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21715
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6651.51650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61222587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.253930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2164.5894
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 265
Rwork0.292 5208
obs-5473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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