PDB-2fgh: ATP bound gelsolin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fgh

タイトル

ATP bound gelsolin

要素

gelsolin

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / gelsolin / ATP

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament severing / barbed-end actin filament capping / cell projection assembly / actin polymerization or depolymerization / cilium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / central nervous system development / actin filament binding / actin cytoskeleton / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ma, Q. / Robinson, R.C. / Burtnick, L.D. / Urosev, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of gelsolin bound to ATP
著者: Urosev, D. / Ma, Q. / Tan, A.L.C. / Robinson, R.C. / Burtnick, L.D.

履歴

登録	2005年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年12月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_related / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fgh.cif.gz	265.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fgh.ent.gz	217.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6q9z-d 1d0n-d 3ffn-d 6att-d 3iko-1 22297 1twi-d 3pj0-d 3iko-2 1kk8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: gelsolin

B: gelsolin

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: gelsolin

B: gelsolin

ヘテロ分子

A: gelsolin

B: gelsolin

ヘテロ分子

A: gelsolin

B: gelsolin

ヘテロ分子

A: gelsolin

B: gelsolin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
651 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.344, 167.344, 149.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	27 - 135	3 - 111
2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	27 - 135	3 - 111
1	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	136 - 248	112 - 224
2	2	SER	SER	GLY	GLY	B	B	136 - 248	112 - 224
1	3	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	249 - 367	225 - 343
2	3	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	249 - 367	225 - 343
1	4	ASN	ASN	VAL	VAL	A	A	368 - 393	344 - 369
2	4	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	368 - 393	344 - 369
1	5	PRO	PRO	GLY	GLY	A	A	394 - 513	370 - 489
2	5	PRO	PRO	GLY	GLY	B	B	394 - 513	370 - 489
1	6	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	514 - 619	490 - 595
2	6	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	514 - 619	490 - 595
1	7	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	620 - 734	596 - 710
2	7	GLY	GLY	LEU	LEU	B	B	620 - 734	596 - 710
1	8	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	735 - 755	711 - 731
2	8	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	735 - 755	711 - 731
1	9	ATP	ATP	ATP	ATP	A	C	5380
2	9	ATP	ATP	ATP	ATP	B	D	9380

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

詳細

THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS FROM A SINGLE POLYPEPTIDE CHAIN FOLDED INTO SIX STRUCTURALLY SIMIALAR DOMAINS, S1 THROUGH S6.

#1: タンパク質	gelsolin / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin 分子量: 80921.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: Q28372
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: crystals were grown from drops containing a 1:1 ratio of 34% saturated ammonium sulfate solution, 100mM Tris-HCL reservoir solution, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.957 Å
検出器	検出器: AREA DETECTOR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.957 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 52123 / Num. obs: 52123 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 %
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 15.402 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	2650	5.1 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
all	0.243	52123	-	-
obs	0.243	52123	98.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.155 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11266	0	62	50	11378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	11600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.951	15734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.415	3	23922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.777	5	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.252	0.2	11434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	6754
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.249	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	3

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT POSITIONAL / Weight position: 0.05

Ens-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1673	0.09
2	1705	0.06
3	1671	0.02
4	394	0.06
5	1714	0.05
6	1500	0.01
7	1788	0.04
8	310	0.02
9	39	0.03

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.389	198
R_work	0.372	3471
obs	-	3669

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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