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- PDB-2fge: Crystal structure of presequence protease PreP from Arabidopsis t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fge
タイトルCrystal structure of presequence protease PreP from Arabidopsis thaliana
要素
  • nonspecific peptide AALTRA
  • zinc metalloprotease (insulinase family)
キーワードHYDROLASE / PLANT PROTEIN / PEPTIDASOME / PROTEASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


apoplast / chloroplast envelope / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / chloroplast stroma / chloroplast / metalloendopeptidase activity / protein processing / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M16C associated / Peptidase M16C associated / PreP C-terminal domain / Peptidase M16C associated / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) ...Peptidase M16C associated / Peptidase M16C associated / PreP C-terminal domain / Peptidase M16C associated / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Presequence protease 1, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Eneqvist, T. / Johnson, K.A.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: The closed structure of presequence protease PreP forms a unique 10 000 A(3) chamber for proteolysis
著者: Johnson, K.A. / Bhushan, S. / Hallberg, B.M. / Frohn, A. / Glaser, E. / Eneqvist, T.
#1: ジャーナル: Plant J. / 年: 2003
タイトル: Characterization of a novel zinc metalloprotease involved in degrading targeting peptides in mitochondria and chloroplasts
著者: Moberg, P. / Stahl, A. / Bhushan, S. / Wright, S.J. / Eriksson, A. / Bruce, B.D. / Glaser, E.
履歴
登録2005年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: zinc metalloprotease (insulinase family)
B: zinc metalloprotease (insulinase family)
D: nonspecific peptide AALTRA
E: nonspecific peptide AALTRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,57712
ポリマ－226,2784
非ポリマー2998
水17,078948
1
A: zinc metalloprotease (insulinase family)
D: nonspecific peptide AALTRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2896
ポリマ－113,1392
非ポリマー1494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area38260 Å2
手法PISA
2
B: zinc metalloprotease (insulinase family)
E: nonspecific peptide AALTRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2896
ポリマ－113,1392
非ポリマー1494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area38170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.834, 114.332, 162.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 zinc metalloprotease (insulinase family) / Presequence protease PreP / ATPREP2 / metalloendopeptidase / ATPREP1/ATZNMP /


分子量: 112536.352 Da / 分子数: 2 / 変異: E80Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pGEX-6P-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LJL3
#2: タンパク質・ペプチド nonspecific peptide AALTRA


分子量: 602.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 956分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 948 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG 6000, 0.1M Hepes, 0.025M magnesium chloride, 0.1% beta-mercaptoethanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月6日 / 詳細: Khozu monochromator and toroidal Zeiss mirror
放射モノクロメーター: transparent diamond monochromators
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→93.66 Å / Num. all: 121080 / Num. obs: 116872 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→93.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.739 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 5876 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.209 121080 --
obs0.209 116872 96.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→93.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15544 0 8 948 16500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02215858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.97621446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70851966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19624.838740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.627152836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6481588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.22378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.27318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.210881
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0670.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9041.510088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.325215836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10836479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2734.55610
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 393 -
Rwork0.236 7334 -
obs-7727 87.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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