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- PDB-2ffs: Structure of PR10-allergen-like protein PA1206 from Pseudomonas a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ffs
タイトルStructure of PR10-allergen-like protein PA1206 from Pseudomonas aeruginosa PAO1
要素hypothetical protein PA1206
キーワードstructural genomics / unknown function / 7-STRANDED BETA SHEET / C-TERMINAL HELIX / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Acetylaranotin biosynthesis cluster protein L / Acetylaranotin biosynthesis cluster protein L / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / DUF1857 family protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Kirillova, O. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. ...Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Kirillova, O. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of PR10-Allergen-Like Protein PA1206 From Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M.T. / Wang, S. / Kirillova, O. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2005年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52022年4月13日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS THEORETICALLY PREDICTED TO BE THE DIMER SHOWN IN THE ASYMMETRIC UNIT, BUT HAS NOT BEEN EXPERIMENTALLY DETERMINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PA1206
B: hypothetical protein PA1206


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6982
ポリマ－35,6982
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.720, 90.720, 107.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 1 - 149

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit of the protein is unknown.

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein PA1206


分子量: 17848.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1206 / プラスミド: pET15b (modified) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 9947133, UniProt: Q9I4D2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 6M ammonium nitrate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 17000 / Num. obs: 17000 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 36.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 1496 / % possible all: 87

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.51 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.224 / FOM acentric: 0.231 / FOM centric: 0 / 反射: 16775 / Reflection acentric: 16215 / Reflection centric: 560
Phasing MAD setR cullis acentric: 1.53 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2.51 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 16215 / Reflection centric: 560
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
14.86-501.070.30.46511
8.73-14.861.060.40.330334
6.18-8.731.640.30.270647
4.78-6.181.330.20.1126964
3.9-4.781.170.10.1200285
3.29-3.92.1700282593
2.85-3.293.74003995114
2.51-2.851.71005050112
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se91.54564-0.48-0.916-0.0110
2Se82.63134-0.253-0.6480.1190
3Se194.81633-0.409-0.8340.050
4Se142.19644-0.322-0.7320.0560
5Se110.72616-0.506-0.7190.030
6Se127.6646-0.515-0.7170.1510
7Se203.58217-0.503-0.688-0.0450
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
14.86-500.4120.4810766511
8.73-14.860.5060.563033730334
6.18-8.730.5490.586075370647
4.78-6.180.5140.5401333126964
3.9-4.780.4360.45402087200285
3.29-3.90.190.19602918282593
2.85-3.290.1680.173041093995114
2.51-2.850.0580.059051625050112
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 16775
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.14-10059.50.82514
6.46-8.1455.80.883508
5.64-6.4655.90.9504
5.13-5.64540.917508
4.76-5.1358.70.92504
4.48-4.7655.30.933516
4.25-4.4855.70.924511
4.05-4.2556.30.897543
3.88-4.05560.889539
3.74-3.8866.80.846560
3.6-3.7462.50.81514
3.48-3.660.80.83611
3.37-3.4864.70.851645
3.27-3.3768.80.848657
3.18-3.2764.50.835684
3.1-3.1866.60.827699
3.02-3.169.70.824698
2.95-3.0273.80.817754
2.88-2.9576.10.832759
2.82-2.8875.50.791750
2.76-2.8276.60.787779
2.71-2.7679.30.77811
2.65-2.7182.90.784811
2.6-2.6583.30.732801
2.56-2.682.80.692809
2.51-2.5687.40.616786

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→31.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 17.712 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 874 5.2 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.223 16881 --
obs0.223 16881 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.668 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å21.17 Å20 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----3.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 0 37 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9673124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6565292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40622.60496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.53815345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8671518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21515
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1431.51499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72422344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3553900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0244.5777
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
566TIGHT POSITIONAL0.080.05
480MEDIUM POSITIONAL0.40.5
566TIGHT THERMAL0.220.5
480MEDIUM THERMAL1.132
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 48 -
Rwork0.35 1003 -
obs-1051 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3080.1422-0.22761.9581-0.61153.8535-0.04470.076-0.0312-0.0411-0.11590.02030.04350.02460.1606-0.112-0.0197-0.0672-0.04890.0022-0.168794.29648.729328.4928
27.07262.98650.54993.3122-0.25264.0405-0.0541-0.0923-0.1398-0.07-0.0999-0.05350.0079-0.08870.154-0.0908-0.0106-0.05830.0189-0.0343-0.091773.431245.69218.4883
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 1 - 149

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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