PDB-2ffj: CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF89 family protein (AF1104) FROM ARCHAEO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ffj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF a DUF89 family protein (AF1104) FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS DSM 4304 AT 2.45 A RESOLUTION

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (2649480) from ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS at 2.45 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_obs
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ffj.cif.gz	119.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ffj.ent.gz	91.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ffj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2ffj_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ffj_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	2ffj_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	2ffj_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7a9j-d 1qpr-3 6yjz-1 5m6q-d 4yzo-1 4rz2-d 3uek-d 7a9i-d 1qpr-2 4yzo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 360250

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

B: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

A: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.806, 80.677, 120.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	CYS	CYS	ILE	ILE	A	A	10 - 108	22 - 120
2	1	CYS	CYS	ILE	ILE	B	B	10 - 108	22 - 120
3	2	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	123 - 252	135 - 264
4	2	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	123 - 252	135 - 264
5	3	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	257 - 287	269 - 299
6	3	SER	SER	VAL	VAL	B	B	256 - 287	268 - 299

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 33766.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: 2649480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2649480, UniProt: O29161*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.2 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97932, 0.97918, 0.91837

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月4日

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97932	1
2	0.97918	1
3	0.91837	1

反射

解像度: 2.45→29.9 Å / Num. obs: 25288 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.087 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
2.45-2.51	100	3.7	0.657	1.1	1858	0.657
2.51-2.58	100	3.7	0.569	1.3	1793	0.569
2.58-2.66	100	3.7	0.485	1.5	1773	0.485
2.66-2.74	100	3.7	0.385	1.8	1686	0.385
2.74-2.83	100	3.7	0.322	2.3	1644	0.322
2.83-2.93	100	3.7	0.249	3	1603	0.249
2.93-3.04	100	3.7	0.181	4.1	1559	0.181
3.04-3.16	100	3.7	0.152	4.8	1488	0.152
3.16-3.3	100	3.7	0.125	5.7	1445	0.125
3.3-3.46	99.9	3.7	0.094	7.4	1361	0.094
3.46-3.65	99.9	3.7	0.08	8.6	1327	0.08
3.65-3.87	99.8	3.7	0.07	8.5	1227	0.07
3.87-4.14	99.7	3.7	0.064	9.1	1156	0.064
4.14-4.47	99.6	3.6	0.057	10.7	1104	0.057
4.47-4.9	99.5	3.6	0.052	11.2	999	0.052
4.9-5.48	99.3	3.7	0.053	9.9	914	0.053
5.48-6.33	99.1	3.6	0.062	10.3	819	0.062
6.33-7.75	98.6	3.5	0.055	11.5	688	0.055
7.75-10.96	98.1	3.5	0.039	15.9	544	0.039
10.96-29.9	90.9	3.2	0.05	11.3	300	0.05

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.45→29.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 17.201 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.267
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1288	5.1 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
all	0.192	-	-	-
obs	0.19189	23975	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4066	0	41	89	4196

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	2.001	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3	9134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.51	24.451	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.531	15	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.273	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.307	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.058	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.605	3	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.329	3	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.372	5	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.776	8	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7	11	1303

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1510	tight positional	0.07	0.05
2294	medium positional	0.41	0.5
1510	tight thermal	0.13	0.5
2294	medium thermal	0.71	2

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	98	-
R_work	0.269	1756	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8104	2.9207	2.1235	9.6117	1.1688	3.328	-0.0651	-0.0129	-0.4596	-0.0561	0.302	-0.0968	0.143	0.1394	-0.2369	-0.1226	-0.0604	-0.009	-0.128	0.0139	-0.1807	4.946	12.776	82.644
2	2.6087	-0.7366	0.9332	2.7812	-0.1968	3.5537	-0.0109	-0.0937	-0.1546	0.2906	0.0293	-0.2869	0.1689	0.2182	-0.0183	-0.1433	0.0047	-0.0508	-0.1261	0.0053	-0.0521	20.424	16.123	103.659
3	2.3504	-2.5776	-0.6932	6.6003	2.2062	5.9277	-0.047	0.0029	0.2825	-0.0479	0.2617	-0.1038	-0.3544	0.0015	-0.2148	-0.1577	0.0265	-0.0278	-0.1423	0.0164	-0.1448	8.781	42.707	95.203
4	1.8043	0.5186	-1.1742	3.3	-1.3448	3.9605	-0.015	0.1714	0.0222	-0.3639	0.155	0.0375	0.0032	-0.1102	-0.14	-0.1428	-0.0484	0.0233	-0.1133	-0.0226	-0.1321	13.389	39.115	69.85

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 68	19 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	69 - 288	81 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	7 - 68	19 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	69 - 288	81 - 300

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関連情報:EMDBヘッダ

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