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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ffd | |||||||||
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タイトル | Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE | |||||||||
要素 |
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キーワード | BLOOD CLOTTING / Complex of fibrinogen with "A" site mimic GPRVVE in both "A" and "B" sites | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 platelet maturation / induction of bacterial agglutination / blood coagulation, common pathway / sugar-phosphatase activity / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion ...platelet maturation / induction of bacterial agglutination / blood coagulation, common pathway / sugar-phosphatase activity / fibrinogen complex / Regulation of TLR by endogenous ligand / platelet alpha granule / blood coagulation, fibrin clot formation / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extracellular matrix structural constituent / plasminogen activation / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of exocytosis / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / cellular response to interleukin-1 / protein polymerization / protein secretion / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of vasoconstriction / fibrinolysis / Integrin signaling / cell-matrix adhesion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of protein secretion / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet aggregation / response to calcium ion / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / extracellular vesicle / Platelet degranulation / protein-macromolecule adaptor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Betts, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: THROMB.HAEMOST. / 年: 2006 タイトル: The structure of fibrinogen fragment D with the 'A' knob peptide GPRVVE. 著者: Betts, L. / Merenbloom, B.K. / Lord, S.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ffd.cif.gz | 277.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ffd.ent.gz | 221.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ffd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ffd_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ffd_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2ffd_validation.xml.gz | 50.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ffd_validation.cif.gz | 69.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ltjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 7747.030 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 145-210 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGA / 細胞株 (発現宿主): ovary cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P02671 #2: タンパク質 | 分子量: 35940.215 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 179-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGB / 細胞株 (発現宿主): ovary cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P02675 #3: タンパク質 | 分子量: 35217.992 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 122-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGG / 細胞株 (発現宿主): ovary cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P02679 |
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-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 GHIJ
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 656.751 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct #5: 多糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 235分子
#6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月10日 / 詳細: Osmic Confocal Blue |
放射 | モノクロメーター: Osmic confocal Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 42946 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Χ2: 1.279 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4131 / Χ2: 1.187 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1LTJ 解像度: 2.89→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 15.607 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.572 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.895→2.97 Å / Total num. of bins used: 20
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