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万見
- PDB-2fdp: Crystal structure of beta-secretase complexed with an amino-ethyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdp
タイトルCrystal structure of beta-secretase complexed with an amino-ethylene inhibitor
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE / BACE
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to copper ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FRP / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yang, W. / Lu, W. / Lu, Y. / Zhong, M. / Sun, J. / Thomas, A.E. / Wilkinson, J.M. / Fucini, R.V. / Lam, M. / Randal, M. ...Yang, W. / Lu, W. / Lu, Y. / Zhong, M. / Sun, J. / Thomas, A.E. / Wilkinson, J.M. / Fucini, R.V. / Lam, M. / Randal, M. / Shi, X.P. / Jacobs, J.W. / McDowell, R.S. / Gordon, E.M. / Ballinger, M.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Aminoethylenes: a tetrahedral intermediate isostere yielding potent inhibitors of the aspartyl protease BACE-1.
著者: Yang, W. / Lu, W. / Lu, Y. / Zhong, M. / Sun, J. / Thomas, A.E. / Wilkinson, J.M. / Fucini, R.V. / Lam, M. / Randal, M. / Shi, X.P. / Jacobs, J.W. / McDowell, R.S. / Gordon, E.M. / Ballinger, M.D.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,4496
ポリマ－129,7673
非ポリマー1,6823
水1,802100
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8162
ポリマ－43,2561
非ポリマー5611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8162
ポリマ－43,2561
非ポリマー5611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8162
ポリマ－43,2561
非ポリマー5611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.189, 102.188, 99.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Aspartyl ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2


分子量: 43255.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-FRP / N1-((2S,3S,5R)-3-AMINO-6-(4-FLUOROPHENYLAMINO)-5-METHYL-6-OXO-1-PHENYLHEXAN-2-YL)-N3,N3-DIPROPYLISOPHTHALAMIDE


分子量: 560.702 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H41FN4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.79 Å / Num. all: 54657 / Num. obs: 54657 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5423 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
REFMAC5.1.19精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: previously refined model

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 11.434 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2767 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.227 54121 --
obs0.227 54121 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0.27 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8785 0 123 100 9008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0219148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.861.95612425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.97851107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.23836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0540.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0662.55535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89458943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9672.53613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.60653482
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.586 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.365 243
Rwork0.323 4891
all-5134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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