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- PDB-2fdb: Crystal Structure of Fibroblast growth factor (FGF)8b in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdb
タイトルCrystal Structure of Fibroblast growth factor (FGF)8b in complex with FGF Receptor (FGFR) 2c
要素
  • Fibroblast growth factor receptor 2
  • fibroblast growth factor 8 isoform B
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR/TRANSFERASE / beta-trefoil fold / immunoglobulin fold / HORMONE-GROWTH FACTOR-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pallium development / midbrain-hindbrain boundary development / negative regulation of cardiac muscle tissue development / subpallium development / larynx morphogenesis / neural plate morphogenesis / mesodermal cell migration / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / cell migration involved in mesendoderm migration / mitotic nuclear division ...pallium development / midbrain-hindbrain boundary development / negative regulation of cardiac muscle tissue development / subpallium development / larynx morphogenesis / neural plate morphogenesis / mesodermal cell migration / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / cell migration involved in mesendoderm migration / mitotic nuclear division / forebrain dorsal/ventral pattern formation / forebrain neuron development / dorsal/ventral axon guidance / Formation of the posterior neural plate / type 1 fibroblast growth factor receptor binding / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / embryonic neurocranium morphogenesis / Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / gonad development / cell proliferation in forebrain / aorta morphogenesis / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / mesonephros development / FGFR3b ligand binding and activation / reproductive structure development / limb bud formation / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / forebrain morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / positive regulation of organ growth / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / pyramidal neuron development / branching involved in prostate gland morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / pharyngeal system development / regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / male genitalia development / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / outflow tract septum morphogenesis / dopaminergic neuron differentiation / metanephros development / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / mesodermal cell differentiation / dorsal/ventral pattern formation / motor neuron axon guidance / bone morphogenesis / digestive tract development / signal transduction involved in regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Fibroblast growth factor receptor family / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin domain ...HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Fibroblast growth factor receptor family / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 2 / Fibroblast growth factor 8 / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Mohammadi, M. / Olsen, S.K.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2006
タイトル: Structural basis by which alternative splicing modulates the organizer activity of FGF8 in the brain
著者: Olsen, S.K. / Li, J.Y.H. / Bromleigh, C. / Eliseenkova, A.V. / Ibrahimi, O.A. / Lao, Z. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Joyner, A.L. / Mohammadi, M.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: fibroblast growth factor 8 isoform B
P: Fibroblast growth factor receptor 2
N: fibroblast growth factor 8 isoform B
R: Fibroblast growth factor receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3304
ポリマ－87,3304
非ポリマー00
水2,252125
1
M: fibroblast growth factor 8 isoform B
P: Fibroblast growth factor receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6652
ポリマ－43,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
2
N: fibroblast growth factor 8 isoform B
R: Fibroblast growth factor receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6652
ポリマ－43,6652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.846, 46.908, 109.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細There are two biological units. 1) chain A and chain B, and 2) chain C and chain D (i.e. two complexes of FGF8b with FGFR2c

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要素

#1: タンパク質 fibroblast growth factor 8 isoform B / E.C.2.7.1.112 / FGF8b


分子量: 18906.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55075
#2: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR2c / FGFR-2 / Keratinocyte growth factor receptor 2 / CD332 antigen


分子量: 24758.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2, BEK, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UQH9, UniProt: P21802*PLUS, EC: 2.7.1.112
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18.5% mPEG 5000, 0.15M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射モノクロメーター: Kohzu Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 44825 / Num. obs: 44825 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique all: 4429 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EVT

1evt


解像度: 2.28→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2719 6666 15.3 %random
Rwork0.2393 ---
all0.23931 43700 --
obs0.23931 43700 97.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.821 Å20 Å20.672 Å2
2--0.907 Å20 Å2
3---1.728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5220 0 0 125 5345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006252
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3267
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77223
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.4392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1222.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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