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- PDB-2fd6: Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fd6
タイトルStructure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A
要素
  • H chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody
  • L chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody
  • Urokinase plasminogen activator surface receptor
  • Urokinase-type plasminogen activator
キーワードIMMUNE SYSTEM / HYDROLASE / uPAR / ATF / ATN-615 antibody / Fab / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / u-plasminogen activator / regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / regulation of wound healing / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of plasminogen activation / regulation of signaling receptor activity / regulation of smooth muscle cell migration / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / smooth muscle cell migration / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / plasminogen activation / immunoglobulin complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / tertiary granule membrane / regulation of proteolysis / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / cell projection / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / adaptive immune response / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / : ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CD59 / CD59 / : / Snake toxin-like superfamily / Laminin / : / Laminin / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / Urokinase-type plasminogen activator / Urokinase plasminogen activator surface receptor / : / ENSMUSG00000076577 protein / V165-D-J-C mu protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huang, M. / Huai, Q. / Li, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure of human urokinase plasminogen activator in complex with its receptor
著者: Huai, Q. / Mazar, A.P. / Kuo, A. / Parry, G.C. / Shaw, D.E. / Callahan, J. / Li, Y. / Yuan, C. / Bian, C. / Chen, L. / Furie, B. / Furie, B.C. / Cines, D.B. / Huang, M.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The aminoacid sequence database reference is currently not available for Fab atn-615 anti- ...SEQUENCE The aminoacid sequence database reference is currently not available for Fab atn-615 anti-uPAR antibody, light and heavy chains

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urokinase-type plasminogen activator
L: L chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody
H: H chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,83215
ポリマ－90,9844
非ポリマー1,84811
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area36920 Å2
手法PISA
2
A: Urokinase-type plasminogen activator
U: Urokinase plasminogen activator surface receptor
ヘテロ分子

L: L chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody
H: H chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,83215
ポリマ－90,9844
非ポリマー1,84811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area38220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.792, 86.805, 124.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AU

#1: タンパク質 Urokinase-type plasminogen activator


分子量: 13892.803 Da / 分子数: 1 / 断片: Amino terminal residues 31-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Drosophila / 細胞株 (発現宿主): S2 cells / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: P00749, u-plasminogen activator
#4: タンパク質 Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR / U-PAR / Monocyte activation antigen Mo3 / CD87 antigen


分子量: 30668.418 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Drosophila / 細胞株 (発現宿主): S2 cells / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q03405

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 L chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody


分子量: 23437.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ascite liquid / 参照: UniProt: Q52L64
#3: 抗体 H chain of Fab of ATN-615 anti-uPAR antibody


分子量: 22984.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Secretion: ascite liquid / 参照: UniProt: Q4V9V8, UniProt: Q924Q0*PLUS

-
糖 , 3種, 3分子

#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 344分子

#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#12: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5
詳細: 4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンNSLS X2521
シンクロトロンNSLS X12C31
シンクロトロンAPS 17-ID4
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2005年4月9日
2CCD
3CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.85→41.36 Å / Num. obs: 86852 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.85→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 77.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FAT

2fat


解像度: 1.9→41.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1755432.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4228 5.1 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.239 86852 --
obs0.239 83101 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.429597 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å2-3.7 Å2
2--4.95 Å20 Å2
3----4.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6139 0 125 336 6600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 559 5 %
Rwork0.403 10624 -
obs--77.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2temp.dummy
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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