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- PDB-2fd4: Crystal Structure of AvrPtoB (436-553) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fd4
タイトルCrystal Structure of AvrPtoB (436-553)
要素avirulence protein AvrptoB
キーワードLIGASE / Pseudomonas / AvrPtoB / RING finger / U-box / ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / transferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
AvrPtoB, C-terminal domain / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain superfamily / AvrPtoB E3 ubiquitin ligase / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain superfamily / Avirulence AvrPtoB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, Pto-binding domain / Herpes Virus-1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Effector protein HopAB2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Janjusevic, R. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: A bacterial inhibitor of host programmed cell death defenses is an E3 ubiquitin ligase.
著者: Janjusevic, R. / Abramovitch, R.B. / Martin, G.B. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2005年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: avirulence protein AvrptoB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2871
ポリマ－13,2871
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.863, 61.863, 60.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 avirulence protein AvrptoB


分子量: 13286.791 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 436-553 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RSY1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.37 M-1.39 M sodium citrate, 100 mM HEPES, 2 mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月20日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator. Si(111) or Si(220) options. Sagitall focusing. Cylindrically bent ULE mirror with Pt and Rh coating.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 11.7 % / 数: 13351 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.077 / D res high: 2.2 Å / D res low: 99 Å / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.749999.310.031.45211.6
3.764.7410010.0321.06911.8
3.293.7610010.0471.05411.8
2.993.2910010.091.01611.8
2.772.9910010.1210.97411.8
2.612.7710010.2010.96911.7
2.482.6110010.2880.97911.7
2.372.4810010.3921.03411.7
2.282.3710010.4751.02211.7
2.22.2810010.6271.20411.6
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 15065 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.765.10.674199.9
1.76-1.835.10.4751100
1.83-1.915.10.272199.9
1.91-2.025.10.1491100
2.02-2.145.10.0921100
2.14-2.315.10.061199.9
2.31-2.5460.053199.8
2.54-2.919.20.0551100
2.91-3.665.40.031100
3.66-995.10.022199.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.2 Å / D res low: 99 Å / FOM : 0.32 / 反射: 7159
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se54.2910.2220.6810.0041.99
2Se600.5870.1490.0921.343
3Se600.2830.7240.1071.37
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.02-990.4342
5.03-8.020.48610
3.92-5.030.49762
3.32-3.920.46886
2.93-3.320.391015
2.65-2.930.291097
2.44-2.650.191176
2.27-2.440.131271
Phasing dmFOM : 0.58 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.57 / 反射: 7161 / Reflection acentric: 6141 / Reflection centric: 1020
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.3-26.9520.910.940.85333221112
3.9-6.30.90.930.77988790198
3.1-3.90.840.860.7212111025186
2.8-3.10.650.670.5512051052153
2.4-2.80.410.420.3521291888241
2.2-2.40.250.250.2512951165130

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.825 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26669 637 5 %RANDOM
Rwork0.24215 ---
obs0.24344 12049 99.42 %-
all-12686 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20.96 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数801 0 0 51 852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7941.9821097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89431737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9125101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.21325.42935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33815139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.097153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.242
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0920.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1471.5656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2931.5211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.372832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.453327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5254.5265
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 42 -
Rwork0.314 880 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.611-0.6124-0.73677.65051.327815.4869-0.1684-0.16420.0710.14970.6088-0.58490.1423-0.2376-0.4404-0.2210.0113-0.0043-0.20440.0087-0.124231.45063.89888.2231
239.1359-3.387124.486711.69884.54445.54360.29881.57990.845-1.2903-0.099-1.14190.98093.6556-0.19980.10680.04150.32860.09030.04010.36646.23783.5153-3.878
34.92910.37472.83097.221-2.48179.193-0.06470.2081-0.5116-0.29280.2531-0.80060.39950.3931-0.1885-0.1486-0.01120.0755-0.1915-0.0732-0.034438.05926.2247-0.8922
43.5991-0.9998-0.05697.6642-1.73237.6723-0.35950.0763-0.0775-0.25160.51-0.2532-0.199-0.5738-0.1505-0.177-0.0522-0.0007-0.174-0.0252-0.197430.871610.93290.1969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA435 - 4544 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2AA461 - 46730 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3AA472 - 50741 - 76
4X-RAY DIFFRACTION4AA513 - 55382 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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