PDB-2fd4: Crystal Structure of AvrPtoB (436-553)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fd4

タイトル

Crystal Structure of AvrPtoB (436-553)

要素

avirulence protein AvrptoB

キーワード

LIGASE / Pseudomonas / AvrPtoB / RING finger / U-box / ubiquitin ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / transferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Janjusevic, R. / Stebbins, C.E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: A bacterial inhibitor of host programmed cell death defenses is an E3 ubiquitin ligase.
著者: Janjusevic, R. / Abramovitch, R.B. / Martin, G.B. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2005年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2fd4.ent.gz	22.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2fd4_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fd4_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	2fd4_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	2fd4_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fd4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2v85-2 2jin-d 5c7b-d 4f55-d 5mpl-d 1sjr-d 2yan-1 1m4c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: avirulence protein AvrptoB

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.863, 61.863, 60.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	avirulence protein AvrptoB 分子量: 13286.791 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 436-553 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RSY1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

avirulence protein AvrptoB

分子量: 13286.791 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 436-553 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas syringae (バクテリア)
プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RSY1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1.37 M-1.39 M sodium citrate, 100 mM HEPES, 2 mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 103 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月20日

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator. Si(111) or Si(220) options. Sagitall focusing. Cylindrically bent ULE mirror with Pt and Rh coating.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 11.7 % / 数: 13351 / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.077 / D res high: 2.2 Å / D res low: 99 Å / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	99	99.3	1	0.03	1.452	11.6
3.76	4.74	100	1	0.032	1.069	11.8
3.29	3.76	100	1	0.047	1.054	11.8
2.99	3.29	100	1	0.09	1.016	11.8
2.77	2.99	100	1	0.121	0.974	11.8
2.61	2.77	100	1	0.201	0.969	11.7
2.48	2.61	100	1	0.288	0.979	11.7
2.37	2.48	100	1	0.392	1.034	11.7
2.28	2.37	100	1	0.475	1.022	11.7
2.2	2.28	100	1	0.627	1.204	11.6

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 15065 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.03

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	5.1	0.674	1	99.9
1.76-1.83	5.1	0.475	1	100
1.83-1.91	5.1	0.272	1	99.9
1.91-2.02	5.1	0.149	1	100
2.02-2.14	5.1	0.092	1	100
2.14-2.31	5.1	0.061	1	99.9
2.31-2.54	6	0.053	1	99.8
2.54-2.91	9.2	0.055	1	100
2.91-3.66	5.4	0.03	1	100
3.66-99	5.1	0.022	1	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.2 Å / D res low: 99 Å / FOM : 0.32 / 反射: 7159

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	54.291	0.222	0.681	0.004	1.99
2	Se	60	0.587	0.149	0.092	1.343
3	Se	60	0.283	0.724	0.107	1.37

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.02-99	0.4	342
5.03-8.02	0.48	610
3.92-5.03	0.49	762
3.32-3.92	0.46	886
2.93-3.32	0.39	1015
2.65-2.93	0.29	1097
2.44-2.65	0.19	1176
2.27-2.44	0.13	1271

Phasing dm

FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.59 / FOM centric: 0.57 / 反射: 7161 / Reflection acentric: 6141 / Reflection centric: 1020

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.3-26.952	0.91	0.94	0.85	333	221	112
3.9-6.3	0.9	0.93	0.77	988	790	198
3.1-3.9	0.84	0.86	0.72	1211	1025	186
2.8-3.1	0.65	0.67	0.55	1205	1052	153
2.4-2.8	0.41	0.42	0.35	2129	1888	241
2.2-2.4	0.25	0.25	0.25	1295	1165	130

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 7.825 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26669	637	5 %	RANDOM
R_work	0.24215	-	-	-
obs	0.24344	12049	99.42 %	-
all	-	12686	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	0.96 Å²	0 Å²
2-	-	1.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	801	0	0	51	852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	814
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.794	1.982	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	3	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.912	5	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.213	25.429	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.338	15	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.097	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.092	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.203	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.147	1.5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.293	1.5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.37	2	832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.45	3	327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.525	4.5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	42	-
R_work	0.314	880	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.611	-0.6124	-0.7367	7.6505	1.3278	15.4869	-0.1684	-0.1642	0.071	0.1497	0.6088	-0.5849	0.1423	-0.2376	-0.4404	-0.221	0.0113	-0.0043	-0.2044	0.0087	-0.1242	31.4506	3.8988	8.2231
2	39.1359	-3.3871	24.4867	11.6988	4.544	45.5436	0.2988	1.5799	0.845	-1.2903	-0.099	-1.1419	0.9809	3.6556	-0.1998	0.1068	0.0415	0.3286	0.0903	0.0401	0.366	46.2378	3.5153	-3.878
3	4.9291	0.3747	2.8309	7.221	-2.4817	9.193	-0.0647	0.2081	-0.5116	-0.2928	0.2531	-0.8006	0.3995	0.3931	-0.1885	-0.1486	-0.0112	0.0755	-0.1915	-0.0732	-0.0344	38.0592	6.2247	-0.8922
4	3.5991	-0.9998	-0.0569	7.6642	-1.7323	7.6723	-0.3595	0.0763	-0.0775	-0.2516	0.51	-0.2532	-0.199	-0.5738	-0.1505	-0.177	-0.0522	-0.0007	-0.174	-0.0252	-0.1974	30.8716	10.9329	0.1969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	435 - 454	4 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	461 - 467	30 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	472 - 507	41 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	513 - 553	82 - 122

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