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- PDB-2fcv: SyrB2 with Fe(II), bromide, and alpha-ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcv
タイトルSyrB2 with Fe(II), bromide, and alpha-ketoglutarate
要素syringomycin biosynthesis enzyme 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / mononuclear iron / cupin / halogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonyl-[L-threonyl-carrier protein] 4-chlorinase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorinating enzyme / q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / BROMIDE ION / Chem-DSU / : / : / L-threonyl-[L-threonyl-carrier protein] 4-chlorinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Blasiak, L.C. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the non-haem iron halogenase SyrB2 in syringomycin biosynthesis.
著者: Blasiak, L.C. / Vaillancourt, F.H. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: syringomycin biosynthesis enzyme 2
B: syringomycin biosynthesis enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,58511
ポリマ－71,3652
非ポリマー1,2209
水8,377465
1
A: syringomycin biosynthesis enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5416
ポリマ－35,6831
非ポリマー8585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: syringomycin biosynthesis enzyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0445
ポリマ－35,6831
非ポリマー3624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.12, 89.35, 125.06
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 syringomycin biosynthesis enzyme 2


分子量: 35682.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: SyrB2 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 5748808, UniProt: Q9RBY6*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 474分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-DSU / ((2R,3S,4S,5S)-3,4-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-5-((2R,3S,4S,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-METHOXY-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL NONANOATE


分子量: 496.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H40O12
#5: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 250 mM Na formate, spermine tetra-HCl, n-decanoyl sucrose , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月4日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.18 Å / Num. all: 57215 / Num. obs: 57215 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7474 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY
開始モデル: SyrB2 with Fe(II), chloride, and alpha-ketoglutarate

解像度: 1.8→42.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.307 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3341 5.9 %Same as starting model
Rwork0.171 ---
all0.173 56498 --
obs0.173 56498 93.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.183 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4814 0 60 465 5339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.9346811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34539943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8365599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64423.91266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48615768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.24267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22572
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3871.53819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2521.51220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53524823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47432422
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4374.51988
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 296 -
Rwork0.201 3309 -
obs-3605 82.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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