ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→36.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1214147.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.226 | 4870 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.214 | - | - | - |
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all | 0.216 | 119535 | - | - |
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obs | 0.214 | 96377 | 80.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.4637 Å2 / ksol: 0.393679 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.46 Å2 | 2.12 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.46 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.91 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.21 Å | 0.2 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.23 Å | 0.26 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→36.99 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2509 | 0 | 10 | 371 | 2890 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.44 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.45 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.1 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.31 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.372 | 267 | 4.7 % |
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Rwork | 0.372 | 5391 | - |
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obs | - | - | 28.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | carbohydrate.paramcarbohydrate.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | DRG.parDRG.topX-RAY DIFFRACTION | 5 | ion.paramion.top | | | | | | | | | |
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