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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fcm
タイトルX-ray Crystal Structure of a Chemically Synthesized [D-Gln35]Ubiquitin with a Cubic Space Group
要素Ubiquitin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ubiquitin
機能・相同性Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / ACETATE ION / : / :
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bang, D. / Gribenko, A.V. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B. / Makhatadze, G.I.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2006
タイトル: Dissecting the energetics of protein alpha-helix C-cap termination through chemical protein synthesis.
著者: Bang, D. / Gribenko, A.V. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B. / Makhatadze, G.I.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,39013
ポリマ－17,2602
非ポリマー1,13011
水99155
1
A: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3108
ポリマ－8,6301
非ポリマー6807
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0805
ポリマ－8,6301
非ポリマー4504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.532, 105.532, 105.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8629.870 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-76 / 変異: M1L, G35(DGN) / 由来タイプ: 合成
詳細: The protein was chemically synthesized. The sequence of the protein can be naturally found in Homo sapiens (Human)
参照: GenBank: 15928840
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: by mixing 2 ul of ubiquitin solution (20 mg/ml) and 0.5 ul of crystallization buffer solution. The crystallization buffer was prepared by mixing 3ml of HEPES buffer (0.1M), 3ml of ...詳細: by mixing 2 ul of ubiquitin solution (20 mg/ml) and 0.5 ul of crystallization buffer solution. The crystallization buffer was prepared by mixing 3ml of HEPES buffer (0.1M), 3ml of poly(ethylene glycol) 3350 (25%, w/v), and 0.2ml of 1M cadmium acetate., pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 10688 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 47.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YIW, CHAIN B

1yiw


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 23.683 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28286 1052 9.9 %RANDOM
Rwork0.24922 ---
all0.26 ---
obs0.25443 9591 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1174 0 17 55 1246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.9221606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2592.1122672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1715144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40426.15452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.64315240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.711156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.21138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7531.5738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19421198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9353473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8384.5408
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.389 76
Rwork0.298 689
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.53291.6334-2.48144.63860.08883.49360.4382-0.19440.5605-0.1909-0.29260.0548-0.37510.0915-0.1456-0.0827-0.01190.0191-0.1131-0.0606-0.073325.103738.316-17.5682
27.9389-0.9852.89955.3065-0.91163.69350.32710.4486-0.24050.2192-0.55680.1277-0.15220.35490.2297-0.1438-0.147-0.08420.00020.0056-0.217537.900546.10182.8008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 73
2X-RAY DIFFRACTION1A100 - 402
3X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1028
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 73
5X-RAY DIFFRACTION2B500 - 800
6X-RAY DIFFRACTION2B2001 - 2015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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