PDB-2fcl: Crystal structure of a putative nucleotidyltransferase (tm1012) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fcl

タイトル

Crystal structure of a putative nucleotidyltransferase (tm1012) from Thermotoga maritima at 1.35 A resolution

要素

hypothetical protein TM1012

キーワード

TRANSFERASE / PUTATIVE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (tm1012) from Thermotoga maritima at 1.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

Remark 999

SEQUENCE THE PROTEIN WAS REDUCTIVELY METHYLATED PRIOR TO CRYSTALLIZATION.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fcl.cif.gz	89.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fcl.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fcl_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fcl_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	2fcl_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	2fcl_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/2fcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/2fcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ewrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ndc-2 5tic-2 6f94-d 2ewr-d 2ccm-2 4ndd-1 4ndb-2 6ajr-d 1y63-d 4h79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282879

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein TM1012

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.769, 36.382, 39.785
Angle α, β, γ (deg.)	73.690, 85.510, 78.970
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	hypothetical protein TM1012 分子量: 20493.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm1012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 4981552, UniProt: Q9X0A5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.6 詳細: 15.0% Glycerol, 0.17M NH4OAc, 25.5% PEG-4000, 0.1M Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979454 / 波長: 0.979454 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月27日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979454 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→25.88 Å / Num. obs: 39827 / % possible obs: 73.5 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 11.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.034 / R_sym value: 0.034 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
1.2-1.23	2	0.146	5.7	1404	709	0.146	17.6
1.23-1.26	2	0.129	6.7	2006	1012	0.129	25.9
1.26-1.3	2	0.108	7.6	2687	1360	0.108	35.5
1.3-1.34	2	0.091	8.7	3493	1760	0.091	47.6
1.34-1.39	2	0.077	10	4432	2236	0.077	63.4
1.39-1.43	2	0.064	11	6077	3064	0.064	88.3
1.43-1.49	2	0.053	12.9	6090	3065	0.053	91.8
1.49-1.55	2	0.046	15.1	5846	2948	0.046	92
1.55-1.62	2	0.039	17.5	5603	2824	0.039	91.8
1.62-1.7	2	0.036	19	5399	2718	0.036	92.4
1.7-1.79	2	0.033	20.9	5136	2588	0.033	92.5
1.79-1.9	2	0.031	23	4939	2487	0.031	93
1.9-2.03	2	0.035	25	4569	2267	0.035	91.9
2.03-2.19	2.3	0.034	27.5	4858	2159	0.034	92.9
2.19-2.4	2.5	0.035	29.5	5047	2033	0.035	96.4
2.4-2.68	3.1	0.046	33.1	5876	1885	0.046	96.9
2.68-3.1	3.6	0.039	36.4	5922	1654	0.039	97.6
3.1-3.79	3.7	0.03	37.5	5149	1389	0.03	97.4
3.79-5.37	4.4	0.031	41.8	4793	1099	0.031	98.6
5.37-25.88	4.1	0.031	40.2	2350	570	0.031	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2ewr

2ewr

解像度: 1.2→24.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 0.958 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.35 A WITH 4948 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.35-1.20 (33.6% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17	2028	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14	-	-	-
obs	0.142	37613	74.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.634 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.77 Å²	0.31 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0.22 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→24.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1308	0	14	261	1583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.335	1.981	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.785	3	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.901	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.504	24.118	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.994	15.181	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.17	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	875
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.078	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.188	3	853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.445	3	336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.872	5	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.749	8	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.992	11	564
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.002	3	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.336	3	1372

LS精密化シェル

解像度: 1.201→1.232 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	35	-
R_work	0.143	507	-
obs	-	-	18.39 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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