PDB-2fbd: The crystallographic structure of the digestive lysozyme 1 from M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fbd

タイトル

The crystallographic structure of the digestive lysozyme 1 from Musca domestica at 1.90 Ang.

要素

Lysozyme 1

キーワード

HYDROLASE / Digestive Lysozime / Musca domestica

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme / lysozyme activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Musca domestica (イエバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cancado, F.C. / Marana, S.R. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization, data collection and phasing of two digestive lysozymes from Musca domestica.
著者: Marana, S.R. / Cancado, F.C. / Valero, A.A. / Ferreira, C. / Terra, W.R. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2005年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fbd.cif.gz	69.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fbd.ent.gz	51.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fbd_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fbd_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	2fbd_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2fbd_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h5zC 1hewS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hfz-2 5aih-2 4h9i-d 1lj3-2 5ocv-1 6p4d-d 2g4n-5 5yin-d 4ppo-d 1lyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysozyme 1

B: Lysozyme 1

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Lysozyme 1

ヘテロ分子

B: Lysozyme 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.523, 79.435, 45.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lysozyme 1 / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase 1 分子量: 13828.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musca domestica (イエバエ) / 遺伝子: AY344589 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q7YT16, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1% PEG 400, 0.1 M Na Hepes, 1.4 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.431 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月16日
放射	モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.431 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 19857 / Num. obs: 19857 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HEW

1hew

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.119 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19802	1016	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15333	-	-	-
obs	0.15565	18817	99.97 %	-
all	-	18817	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.331 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0 Å²	-0.5 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1938	0	29	311	2278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.925	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.382	5	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.405	23.939	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.939	15	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.691	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.148	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.673	1.5	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.141	2	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.987	3	961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.744	4.5	819
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	79	-
R_work	0.169	1348	-
obs	-	-	99.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0662	0.1662	-0.3856	2.1979	-0.9636	3.6007	0.0072	-0.0516	-0.0502	0.138	-0.0183	-0.0091	-0.1054	0.0295	0.0111	-0.1645	-0.0079	-0.0019	-0.1544	0.0047	-0.1177	-1.3231	0.1773	18.3632
2	2.8849	0.9102	0.7253	1.6044	0.496	1.6115	-0.0066	-0.0223	-0.0301	-0.0715	0.0258	-0.0506	-0.0787	0.0415	-0.0191	-0.134	-0.0108	0.0166	-0.15	-0.0075	-0.1473	12.2279	-18.2369	1.6787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 122	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 122	1 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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