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- PDB-2fb7: NMR Solution Structure of protein from Zebra Fish Dr.13312 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fb7
タイトルNMR Solution Structure of protein from Zebra Fish Dr.13312
要素Sm-like protein, LSm-14_N (RAP55)
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Dr.13312 / BC055387 / AAH55387 / LSm14_N / RAP55 / Sm-like protein / strongly bent five-stranded antiparallel beta-sheet / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


P-body assembly / stress granule assembly / P-body / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
FFD box / TFG box / FFD box profile. / TFG box profile. / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain ...FFD box / TFG box / FFD box profile. / TFG box profile. / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / SH3 type barrels. - #100 / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LSM14 homolog A (SCD6, S. cerevisiae) / Lsm14a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, water refinement
データ登録者Tyler, R.C. / Song, J. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of protein from Zebra Fish Dr.13312
著者: Tyler, R.C. / Song, J. / Markley, J.L.
履歴
登録2005年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sm-like protein, LSm-14_N (RAP55)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7041
ポリマ－10,7041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100fewest violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sm-like protein, LSm-14_N (RAP55)


分子量: 10704.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
解説: WHEAT GERM CELL-FREE, IN VITRO EXPRESSION / 遺伝子: BC055387 / プラスミド: PEU-HIS / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q7SXR4, UniProt: Q6P111*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
NMR実験の詳細Text: ALL TRIPLE-RESONANCE AND NOESY SPECTRA WERE ACQUIRED USING A CRYOGENIC PROBE.

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試料調製

詳細内容: 0.46 MM PROTEIN, 100 MM NACL, 10 MM BIS-TRIS, 5 MM DTT, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 289 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称分類
CNS精密化
NMRPIPE 97.027.12.56., NMRVIEW 5.0.4, ARIA 1.2, CNS 1.1データ収集
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, water refinement
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1106 NOE RESTRAINTS (974 UNAMBIGUOUS, 132 AMBIGUOUS), 40 HBOND RESTRAINTS, AND 172 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: fewest violations / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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