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- PDB-2fa9: The crystal structure of Sar1[H79G]-GDP provides insight into the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fa9
タイトルThe crystal structure of Sar1[H79G]-GDP provides insight into the coat-controlled GTP hydrolysis in the disassembly of COP II
要素GTP-binding protein SAR1b
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Sar1H79G mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid export from cell / amino acid sensor activity / regulation of lipid transport / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular response to leucine starvation / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / lipoprotein transport / Golgi cisterna membrane / lipid homeostasis ...lipid export from cell / amino acid sensor activity / regulation of lipid transport / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular response to leucine starvation / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / lipoprotein transport / Golgi cisterna membrane / lipid homeostasis / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of TORC1 signaling / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / G protein activity / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase SAR1 domain profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Small GTPase SAR1 domain profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Small COPII coat GTPase SAR1B
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rao, Y. / Huang, M. / Yuan, C. / Bian, C. / Hou, X.
引用ジャーナル: Chin.J.Struct.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Sar1[H79G]-GDP Which Provides Insight into the Coat-controlled GTP Hydrolysis in the Disassembly of COP II
著者: Rao, Y. / Yuan, C. / Bian, C. / Hou, X. / Li, Y. / Zhao, G. / Ye, X. / Huang, Z. / Huang, M.
履歴
登録2005年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein SAR1b
B: GTP-binding protein SAR1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4308
ポリマ－42,3032
非ポリマー1,1276
水2,180121
1
A: GTP-binding protein SAR1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7154
ポリマ－21,1511
非ポリマー5643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP-binding protein SAR1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7154
ポリマ－21,1511
非ポリマー5643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.215, 61.620, 71.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 72.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein SAR1b / Sar1 / GTBPB


分子量: 21151.354 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 10-198 / 変異: H79G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
プラスミド: pET11d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9QVY3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 5.8
詳細: 28%(w/v)Polyethylene Glycol-4000, 100mM sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate , pH 5.8, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月11日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46 Å / Num. all: 15488 / Num. obs: 13619 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.13 / Biso Wilson estimate: 21 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
LSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F6B

1f6b


解像度: 2.5→45.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1038337.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 824 6.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 13619 88.4 %-
all-15488 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.6333 Å2 / ksol: 0.368936 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.99 Å20 Å2-2.62 Å2
2---9.66 Å20 Å2
3----0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 68 121 2925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 114 6.2 %
Rwork0.289 1721 -
obs--72.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2h79ggdp_xplor_par.txt
X-RAY DIFFRACTION3carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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