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万見
- PDB-2fa3: HMG-CoA synthase from Brassica juncea in complex with acetyl-CoA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fa3
タイトルHMG-CoA synthase from Brassica juncea in complex with acetyl-CoA and acetyl-cys117.
要素HMG-CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / HMGS1 / Acetyl-coA
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / sterol biosynthetic process / acetyl-CoA metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, active site / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, eukaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase active site. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, active site / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, eukaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase active site. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica juncea (カラシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Pojer, F. / Ferrer, J.L. / Richard, S.B. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for the design of potent and species-specific inhibitors of 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthases.
著者: Pojer, F. / Ferrer, J.L. / Richard, S.B. / Nagegowda, D.A. / Chye, M.L. / Bach, T.J. / Noel, J.P.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8772
ポリマ－50,0681
非ポリマー8101
水2,396133
1
A: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子

A: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7554
ポリマ－100,1362
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area8580 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.600, 61.600, 411.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 HMG-CoA synthase


分子量: 50067.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / プラスミド: pHis8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9M6U3
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17% PEG 20K, 0.25M TMAO, 100mM PIPES, 2mM dithiothreitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月19日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16567 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 16.26
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 85.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
NEMOデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2F82

2f82


解像度: 2.52→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 25.047 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.844 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28168 848 5.1 %RANDOM
Rwork0.17612 ---
all0.18135 15876 --
obs0.18135 15876 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20.31 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3513 0 51 133 3697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0021.9864928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7695448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.26924.516155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.45815622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.21798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22449
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.52308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52723585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50131550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7224.51343
LS精密化 シェル解像度: 2.515→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 64 -
Rwork0.274 897 -
obs--78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.5245 Å / Origin y: 7.2472 Å / Origin z: 17.9782 Å
111213212223313233
T0.0118 Å2-0.0287 Å20.008 Å2--0.0049 Å2-0.0082 Å2--0.0096 Å2
L0.2114 °20.0586 °2-0.0878 °2-0.2063 °20.079 °2--0.2992 °2
S-0.0248 Å °0.0217 Å °0.0196 Å °-0.0448 Å °0.0428 Å °-0.0259 Å °0.0181 Å °-0.0203 Å °-0.0179 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 4511 - 450
2X-RAY DIFFRACTION1AB7961
3X-RAY DIFFRACTION1AC797 - 9291 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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