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万見
- PDB-2f9z: Complex between the chemotaxis deamidase CheD and the chemotaxis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9z
タイトルComplex between the chemotaxis deamidase CheD and the chemotaxis phosphatase CheC from Thermotoga maritima
要素
  • PROTEIN (chemotaxis methylation protein)
  • chemotaxis protein CheC
キーワードSIGNALING PROTEIN / bacterial chemotaxis / signal transduction / receptor deamidase / aspartyl phosphatase / protein complex / reciprocal regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamate methylesterase / protein-glutamate methylesterase activity / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / 加水分解酵素 / chemotaxis / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; - #200 / Chemoreceptor glutamine deamidase CheD / CheD-like superfamily / : / CheD chemotactic sensory transduction / : / CheC-like protein / CheC-like family / : / CheC-like ...60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; - #200 / Chemoreceptor glutamine deamidase CheD / CheD-like superfamily / : / CheD chemotactic sensory transduction / : / CheC-like protein / CheC-like family / : / CheC-like / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic / Chemotaxis protein chec / CheC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemoreceptor glutamine deamidase CheD / CheY-P phosphatase CheC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chao, X. / Park, S.Y. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: A receptor-modifying deamidase in complex with a signaling phosphatase reveals reciprocal regulation.
著者: Chao, X. / Muff, T.J. / Park, S.Y. / Zhang, S. / Pollard, A.M. / Ordal, G.W. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chemotaxis protein CheC
B: chemotaxis protein CheC
C: PROTEIN (chemotaxis methylation protein)
D: PROTEIN (chemotaxis methylation protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9234
ポリマ－78,9234
非ポリマー00
水7,062392
1
A: chemotaxis protein CheC
C: PROTEIN (chemotaxis methylation protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4612
ポリマ－39,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
2
B: chemotaxis protein CheC
D: PROTEIN (chemotaxis methylation protein)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4612
ポリマ－39,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.080, 66.080, 161.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 chemotaxis protein CheC


分子量: 22567.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0904 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X006
#2: タンパク質 PROTEIN (chemotaxis methylation protein)


分子量: 16893.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0903 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X005
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris, 0.25M Lithium Sulfate, 0.1M Cesium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 32861 / Num. obs: 32861 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rsym value: 0.111
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rsym value: 0.306 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XKR

1xkr


解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1630 -RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.211 32961 --
obs0.211 32861 93.4 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.396 Å2-3.942 Å20 Å2
2--0.396 Å20 Å2
3----0.793 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5160 0 0 392 5552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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