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- PDB-2f9y: The Crystal Structure of The Carboxyltransferase Subunit of ACC f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9y
タイトルThe Crystal Structure of The Carboxyltransferase Subunit of ACC from Escherichia coli
要素
  • Acetyl-CoA carboxylase, Carboxyltransferase alpha chain
  • Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
キーワードLIGASE / zinc ribbon / crotonase superfamily / spiral domain
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase complex / acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / negative regulation of translation / mRNA binding ...acetate CoA-transferase complex / acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / negative regulation of translation / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase ...Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bilder, P.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The Structure of the Carboxyltransferase Component of Acetyl-CoA Carboxylase Reveals a Zinc-Binding Motif Unique to the Bacterial Enzyme(,).
著者: Bilder, P. / Lightle, S. / Bainbridge, G. / Ohren, J. / Finzel, B. / Sun, F. / Holley, S. / Al-Kassim, L. / Spessard, C. / Melnick, M. / Newcomer, M. / Waldrop, G.L.
履歴
登録2005年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA carboxylase, Carboxyltransferase alpha chain
B: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9323
ポリマ－70,8672
非ポリマー651
水1267
1
A: Acetyl-CoA carboxylase, Carboxyltransferase alpha chain
B: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA carboxylase, Carboxyltransferase alpha chain
B: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,8656
ポリマ－141,7344
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
Buried area12490 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area42980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)156.729, 156.728, 192.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the transformation -y, -x, -z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA carboxylase, Carboxyltransferase alpha chain


分子量: 37502.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pCZB4(pET14) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3pLysS
参照: GenBank: 4902926, UniProt: P0ABD5*PLUS, acetyl-CoA carboxylase
#2: タンパク質 Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / ACCase beta chain


分子量: 33363.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: accD / プラスミド: pCZB4(pET14) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3pLysS
参照: UniProt: P0A9Q6, UniProt: P0A9Q5*PLUS, acetyl-CoA carboxylase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.49 %
結晶化温度: 277 K / pH: 9.5
詳細: 1M NaH2PO4, 1M K2HPO4, 2M Li2SO4, 1M CAPS, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 9.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器日付: 2003年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection数: 23565 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 0.896 / D res high: 3.2 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
6.873098.510.0381.307
5.466.8799.810.0511.13
4.785.4610010.0561.138
4.344.7810010.0581.212
4.034.3410010.0751.014
3.794.0310010.10.811
3.63.7910010.1390.715
3.453.610010.1950.605
3.313.4510010.2810.549
3.23.3110010.4120.493
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 23565 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.573 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.506
最高解像度最低解像度
Translation4 Å29.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F9I

2f9i


解像度: 3.2→29.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 232301.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2247 10 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.257 22466 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.13 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.46 Å211.77 Å20 Å2
2---5.46 Å20 Å2
3---10.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4258 0 1 7 4266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it12.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it19.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it26.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it32.42.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 366 10.4 %
Rwork0.367 3140 -
obs--91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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