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万見
- PDB-2f9i: Crystal Structure of the carboxyltransferase subunit of ACC from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f9i
タイトルCrystal Structure of the carboxyltransferase subunit of ACC from Staphylococcus aureus
要素
  • acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
  • acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / zinc ribbon / crotonase superfamily / spiral domain
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase ...Acetyl-CoA carboxylase, alpha subunit / Acetyl co-enzyme A carboxylase carboxyltransferase-like / Acetyl-coA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase zinc finger domain / Acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase, beta subunit / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha / Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bilder, P.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The structure of the carboxyltransferase component of acetyl-coA carboxylase reveals a zinc-binding motif unique to the bacterial enzyme.
著者: Bilder, P. / Lightle, S. / Bainbridge, G. / Ohren, J. / Finzel, B. / Sun, F. / Holley, S. / Al-Kassim, L. / Spessard, C. / Melnick, M. / Newcomer, M. / Waldrop, G.L.
履歴
登録2005年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.52023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
B: acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
C: acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha
D: acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,3346
ポリマ－137,2034
非ポリマー1312
水10,503583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13390 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area42210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.979, 50.859, 149.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPARGARG1AA34 - 30747 - 320
21ASPASPARGARG1CC34 - 30747 - 320
12ILEILEVALVAL2BB29 - 28329 - 283
22ILEILEVALVAL2DD29 - 28329 - 283

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological assembly is a tetramer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha


分子量: 36684.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: K-12 / 遺伝子: ACCA,ACCD / プラスミド: pDEST-T7-202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: GenBank: 49244968, UniProt: Q2FG38*PLUS
#2: タンパク質 acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta


分子量: 31916.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pDEST-T7-202 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: GenBank: 49242071, UniProt: Q5HF73*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG-400, 0.1M HEPES, pH 8.0, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器日付: 2003年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
Reflection冗長度: 3 % / 数: 90018 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.077 / D res high: 1.98 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 97.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.265097.910.0661.0623
3.394.2699.610.0411.0123.1
2.963.3999.610.0391.0813.1
2.692.9699.610.0521.0533.1
2.492.6999.810.0711.0953.1
2.352.4999.910.0951.1233.1
2.232.3599.910.1271.1163.1
2.132.2399.210.1751.0973
2.052.1394.910.2241.062.9
1.982.0582.310.2931.0722.7
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 90018 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.077
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Num. unique all: 7562 / Χ2: 1.072 / % possible all: 82.3

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.15 / Packing: 0.357
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral98.4 0
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 90017
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
10.74-10040.50.161565
7.6-10.7436.90.7511045
6.2-7.638.70.7521415
5.37-6.244.10.7421665
4.8-5.3737.50.7871868
4.39-4.835.90.8032052
4.06-4.3937.80.8022228
3.8-4.0640.60.8052377
3.58-3.839.40.7962549
3.4-3.5840.90.7962650
3.24-3.441.20.7912847
3.1-3.2442.60.7792940
2.98-3.142.60.7583034
2.87-2.9842.40.7693213
2.77-2.8743.60.7673285
2.69-2.7745.10.753381
2.61-2.69440.7573530
2.53-2.6143.90.7483572
2.46-2.5344.90.7443764
2.4-2.4643.10.7493770
2.34-2.4440.7463931
2.29-2.3443.90.7463995
2.24-2.29450.7434108
2.19-2.2444.70.7544158
2.15-2.1945.20.7494230
2.11-2.1546.20.7494200
2.07-2.1146.20.744244
2.03-2.0749.10.734142
1.98-2.0353.90.6935259

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
直接法4.2位相決定
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ON3

1on3


解像度: 1.98→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 9030 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.189 ---
obs0.189 90017 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.884 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8685 0 2 583 9270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0228639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.96911570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.88451110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84824.176364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.653151501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6191555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.24456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.26012
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3780.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3321.55689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56228763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59533312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8354.52807
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2075TIGHT POSITIONAL0.20.05
1A2075TIGHT THERMAL1.180.5
2B1019TIGHT POSITIONAL0.120.05
2B919MEDIUM POSITIONAL0.340.5
2B1019TIGHT THERMAL1.220.5
2B919MEDIUM THERMAL1.572
LS精密化 シェル解像度: 1.982→2.033 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 558 -
Rwork0.253 5073 -
obs-5631 82.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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