PDB-5kdr: The crystal structure of carboxyltransferase from Staphylococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kdr

タイトル

The crystal structure of carboxyltransferase from Staphylococcus Aureus bound to the antimicrobial agent moiramide B.

要素

(Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / ANTIBIOTIC / MOIRAMIDE B / acetyl-CoA carboxylase / carboxyltransferase / enolate

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA carboxytransferase / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Silvers, M.A. / Pakhomova, S. / Neau, D. / Silvers, W.C. / Anzalone, N. / Taylor, C.M. / Waldrop, G.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Carboxyltransferase from Staphylococcus aureus Bound to the Antibacterial Agent Moiramide B.
著者: Silvers, M.A. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Silvers, W.C. / Anzalone, N. / Taylor, C.M. / Waldrop, G.L.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2f9iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f9i-d 3q10-d 1vh1-d 3do7-d 2rgr-d 4kqq-d 6wwn-d 4ww4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha

B: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha

B: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta

ヘテロ分子

A: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha

B: Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.807, 49.445, 100.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha / Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha 分子量: 36684.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌) 株: USA300 / 遺伝子: accA, SAUSA300_1646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2FG38, UniProt: Q2FXM7*PLUS, acetyl-CoA carboxylase
#2: タンパク質	Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta 分子量: 31916.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌) 株: bovine RF122 / ET3-1 / 遺伝子: accD, SAB1559c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2YTE0, UniProt: Q2FXM6*PLUS, acetyl-CoA carboxylase

#1: タンパク質

Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha / Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha

分子量: 36684.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (strain USA300) (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: accA, SAUSA300_1646 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2FG38, UniProt: Q2FXM7*PLUS, acetyl-CoA carboxylase

#2: タンパク質

Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta / Acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta

分子量: 31916.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (strain bovine RF122 / ET3-1) (黄色ブドウ球菌)
株: bovine RF122 / ET3-1 / 遺伝子: accD, SAB1559c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2YTE0, UniProt: Q2FXM6*PLUS, acetyl-CoA carboxylase

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非ポリマー , 5種, 27分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-YT5 / Moiramide B / (2~{E},4~{E})-~{N}-[(1~{S})-3-[[(2~{S})-3-methyl-1-[(3~{R},4~{S})-4-methyl-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]-1-oxi danylidene-butan-2-yl]amino]-3-oxidanylidene-1-phenyl-propyl]hexa-2,4-dienamide 分子量: 453.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₁N₃O₅
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MES, 1.6 M NH4SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日 / 詳細: KB mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 23238 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.46 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2F9I

2f9i

解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 33.226 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27586	1112	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22946	-	-	-
obs	0.23171	22099	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.113 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.74 Å²	-0 Å²	1.29 Å²
2-	-	3.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4264	0	53	21	4338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.005	1.979	5891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.786	3.004	9831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.226	5	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.85	24.503	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.422	15	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.401	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.528	2.209	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.528	2.211	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.954	3.305	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.954	3.307	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.922	2.325	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.919	2.325	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.099	3.469	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.624	17.446	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.591	17.428	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	97	-
R_work	0.35	1561	-
obs	-	-	97.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4377	4.1448	-1.0138	3.1149	-1.3762	1.9301	0.1492	0.0838	-0.1154	-0.3465	-0.2175	0.1749	0.76	0.3487	0.0684	0.981	-0.0542	-0.0636	0.9825	0.0124	0.6722	-17.471	-15.819	53.318
2	7.6077	1.9773	-0.1528	1.6232	-2.4296	5.1973	-0.0658	-0.1684	-0.0417	-0.038	-0.0304	-0.0797	0.1296	-0.1616	0.0961	0.7036	-0.0317	-0.0353	0.5738	-0.0108	0.5285	-11.554	-5.144	48.896
3	3.2096	-0.0148	0.3718	0.8182	-0.153	3.2966	-0.0303	-0.7361	-0.0556	0.2469	0.1597	0.1591	0.2907	-0.3159	-0.1293	0.1108	0.0252	0.0468	0.5609	0.0005	0.4279	-11.064	-2.427	16.377
4	4.7129	0.3569	-2.4547	2.0669	-0.5109	6.1336	-0.3991	-0.4531	-0.5261	0.1887	0.3649	-0.0822	1.2074	0.2675	0.0341	0.2811	0.086	-0.0244	0.4576	0.0572	0.4509	2.662	-7.792	12.841
5	3.5935	-0.3241	0.0979	3.8343	-0.8456	2.386	-0.0408	-1.077	-0.0966	0.4656	-0.0397	-0.16	0.2209	0.025	0.0805	0.1616	0.0421	-0.0346	0.7322	-0.0642	0.3995	1.666	-1.244	25.667
6	5.7203	1.5196	1.8211	9.181	-4.545	4.4751	-0.1181	-0.6032	0.5823	0.6954	-0.114	-0.5475	-0.4131	-0.0355	0.232	0.4173	0.0505	-0.0034	0.726	-0.1518	0.4564	1.28	4.485	33.788
7	2.7341	0.4346	1.3057	0.7323	0.2349	2.2658	-0.0695	-1.1141	0.6661	0.3308	0.0395	0.1733	-0.2864	-0.3576	0.03	0.2218	0.1219	0.0646	0.8611	-0.2088	0.6489	-6.053	10.424	25.107
8	16.0468	9.3218	12.6132	8.1254	7.5407	9.932	0.2602	-0.3002	0.7179	0.154	-0.7734	-0.1264	0.2121	-0.2635	0.5133	0.664	0.0299	-0.0225	0.6598	0.037	0.6585	41.444	-13.699	15.454
9	8.0175	1.1476	-0.3604	11.2941	-3.6027	4.0932	0.4626	-0.5176	-0.449	1.0413	-0.5079	-0.1302	0.3321	-0.0769	0.0452	0.3537	0.0678	-0.0316	0.56	-0.0164	0.6396	39.304	-12.247	9.033
10	7.3171	0.8215	-1.6818	5.8123	-1.4959	0.7322	-0.1796	0.1091	-0.3411	-0.0866	0.0209	0.0313	0.1861	0.0135	0.1587	0.4499	0.1209	0.0864	0.5251	0.002	0.6197	33.439	-8.752	8.263
11	6.3466	3.9657	-3.0619	5.0587	0.0289	6.1891	0.3438	-1.3779	0.1709	0.4475	-0.2788	-0.7822	-0.9306	1.5145	-0.065	0.321	-0.0851	-0.2575	0.8066	-0.0812	0.6498	27.711	7.336	18.496
12	3.0219	-0.0046	-0.1995	1.61	0.3325	5.2949	-0.1328	-0.92	0.1786	0.3286	0.1709	-0.4449	0.4338	0.4082	-0.0382	0.1027	0.0479	-0.0962	0.7527	-0.0896	0.5777	25.374	3.984	20.775
13	3.3564	-0.8376	0.8453	1.3055	0.2905	3.0298	-0.2021	-0.422	0.4423	0.2191	0.0485	-0.2007	-0.0221	-0.1296	0.1537	0.0391	0.0154	-0.0467	0.4689	-0.1007	0.472	15.536	7.553	13.197
14	5.0048	0.2454	0.9501	0.3424	1.2082	5.3766	0.1126	-0.2602	-0.1409	0.1764	-0.0678	-0.1415	0.6225	-0.2708	-0.0448	0.0941	-0.0207	-0.0515	0.4143	-0.0259	0.4352	16.074	-4.64	9.097
15	0.15	0.1198	0.5877	1.5808	1.1855	2.7991	0.081	-0.0556	-0.0198	-0.312	0.0021	-0.2099	-0.1962	-0.2354	-0.0831	0.9195	-0.0579	0.0247	0.7691	-0.0341	0.8391	9.476	-16.961	18.177
16	5.0546	-0.5419	-0.4651	5.2008	0.1365	6.1457	0.0013	0.0712	0.1548	-0.6843	-0.024	-0.4309	0.3797	0.5577	0.0226	0.1211	0.0348	0.018	0.4513	-0.05	0.379	21.669	-0.479	-1.259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	53 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	154 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	179 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	243 - 261
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	262 - 314
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	29 - 33
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	34 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	50 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	65 - 91
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	92 - 147
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	148 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	204 - 232
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	233 - 248
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	249 - 283

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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