PDB-2f9q: Crystal Structure of Human Cytochrome P450 2D6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f9q

タイトル

Crystal Structure of Human Cytochrome P450 2D6

要素

Cytochrome P450 2D6

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 2D6 / Haem

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of binding / negative regulation of cellular organofluorine metabolic process / Miscellaneous substrates / isoquinoline alkaloid metabolic process / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.002 Å

データ登録者

Rowland, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Human Cytochrome P450 2D6
著者: Rowland, P. / Blaney, F.E. / Smyth, M.G. / Jones, J.J. / Leydon, V.R. / Oxbrow, A.K. / Lewis, C.J. / Tennant, M.G. / Modi, S. / Eggleston, D.S. / Chenery, R.J. / Bridges, A.M.

履歴

登録	2005年12月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f9q.cif.gz	355.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f9q.ent.gz	289.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f9q_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f9q_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2f9q_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	2f9q_validation.cif.gz	89.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6vjb-d 5tvg-1 5nv4-d 1vko-1 3ks7-d 1sq4-1 3rik-d 5xyr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2D6

B: Cytochrome P450 2D6

C: Cytochrome P450 2D6

D: Cytochrome P450 2D6

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

B: Cytochrome P450 2D6

C: Cytochrome P450 2D6

ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 2D6

D: Cytochrome P450 2D6

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
218 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.066, 155.495, 95.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	34 - 39	12 - 17
2	1	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	34 - 39	12 - 17
3	1	PRO	PRO	PRO	PRO	C	C	34 - 39	12 - 17
4	1	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	34 - 39	12 - 17
5	2	THR	THR	GLY	GLY	A	A	54 - 95	32 - 73
6	2	THR	THR	GLY	GLY	B	B	54 - 95	32 - 73
7	2	THR	THR	GLY	GLY	C	C	54 - 95	32 - 73
8	2	THR	THR	GLY	GLY	D	D	54 - 95	32 - 73
9	3	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	97 - 114	75 - 92
10	3	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	97 - 114	75 - 92
11	3	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	97 - 114	75 - 92
12	3	ASP	ASP	PRO	PRO	D	D	97 - 114	75 - 92
13	4	SER	SER	ARG	ARG	A	A	116 - 123	94 - 101
14	4	SER	SER	ARG	ARG	B	B	116 - 123	94 - 101
15	4	SER	SER	ARG	ARG	C	C	116 - 123	94 - 101
16	4	SER	SER	ARG	ARG	D	D	116 - 123	94 - 101
17	5	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	125 - 132	103 - 110
18	5	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	125 - 132	103 - 110
19	5	GLY	GLY	ARG	ARG	C	C	125 - 132	103 - 110
20	5	GLY	GLY	ARG	ARG	D	D	125 - 132	103 - 110
21	6	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	134 - 139	112 - 117
22	6	PHE	PHE	LEU	LEU	B	B	134 - 139	112 - 117
23	6	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	134 - 139	112 - 117
24	6	PHE	PHE	LEU	LEU	D	D	134 - 139	112 - 117
25	7	ASN	ASN	GLY	GLY	A	A	141 - 143	119 - 121
26	7	ASN	ASN	GLY	GLY	B	B	141 - 143	119 - 121
27	7	ASN	ASN	GLY	GLY	C	C	141 - 143	119 - 121
28	7	ASN	ASN	GLY	GLY	D	D	141 - 143	119 - 121
29	8	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	145 - 150	123 - 128
30	8	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	145 - 150	123 - 128
31	8	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	145 - 150	123 - 128
32	8	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	145 - 150	123 - 128
33	9	TRP	TRP	GLY	GLY	A	A	152 - 192	130 - 170
34	9	TRP	TRP	GLY	GLY	B	B	152 - 192	130 - 170
35	9	TRP	TRP	GLY	GLY	C	C	152 - 192	130 - 170
36	9	TRP	TRP	GLY	GLY	D	D	152 - 192	130 - 170
37	10	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	194 - 206	172 - 184
38	10	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	194 - 206	172 - 184
39	10	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	194 - 206	172 - 184
40	10	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	194 - 206	172 - 184
41	11	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	208 - 213	186 - 191
42	11	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	208 - 213	186 - 191
43	11	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	208 - 213	186 - 191
44	11	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	208 - 213	186 - 191
45	12	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	215 - 220	193 - 198
46	12	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	215 - 220	193 - 198
47	12	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	215 - 220	193 - 198
48	12	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	215 - 220	193 - 198
49	13	GLU	GLU	ASP	ASP	A	A	222 - 252	200 - 230
50	13	GLU	GLU	ASP	ASP	B	B	222 - 252	200 - 230
51	13	GLU	GLU	ASP	ASP	C	C	222 - 252	200 - 230
52	13	GLU	GLU	ASP	ASP	D	D	222 - 252	200 - 230
53	14	LEU	LEU	HIS	HIS	A	A	254 - 258	232 - 236
54	14	LEU	LEU	HIS	HIS	B	B	254 - 258	232 - 236
55	14	LEU	LEU	HIS	HIS	C	C	254 - 258	232 - 236
56	14	LEU	LEU	HIS	HIS	D	D	254 - 258	232 - 236
57	15	THR	THR	PRO	PRO	A	A	261 - 268	239 - 246
58	15	THR	THR	PRO	PRO	B	B	261 - 268	239 - 246
59	15	THR	THR	PRO	PRO	C	C	261 - 268	239 - 246
60	15	THR	THR	PRO	PRO	D	D	261 - 268	239 - 246
61	16	ASP	ASP	MET	MET	A	A	270 - 279	248 - 257
62	16	ASP	ASP	MET	MET	B	B	270 - 279	248 - 257
63	16	ASP	ASP	MET	MET	C	C	270 - 279	248 - 257
64	16	ASP	ASP	MET	MET	D	D	270 - 279	248 - 257
65	17	ALA	ALA	ALA	ALA	A	A	282	260
66	17	ALA	ALA	ALA	ALA	B	B	282	260
67	17	ALA	ALA	ALA	ALA	C	C	282	260
68	17	ALA	ALA	ALA	ALA	D	D	282	260
69	18	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	284 - 382	262 - 360
70	18	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	284 - 382	262 - 360
71	18	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	284 - 382	262 - 360
72	18	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	284 - 382	262 - 360
73	19	VAL	VAL	TRP	TRP	A	A	384 - 409	362 - 387
74	19	VAL	VAL	TRP	TRP	B	B	384 - 409	362 - 387
75	19	VAL	VAL	TRP	TRP	C	C	384 - 409	362 - 387
76	19	VAL	VAL	TRP	TRP	D	D	384 - 409	362 - 387
77	20	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	411 - 439	389 - 417
78	20	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	411 - 439	389 - 417
79	20	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	411 - 439	389 - 417
80	20	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	411 - 439	389 - 417
81	21	ARG	ARG	HEM	HEM	A	A - E	441 - 600	419
82	21	ARG	ARG	HEM	HEM	B	B - H	441 - 600	419
83	21	ARG	ARG	HEM	HEM	C	C - I	441 - 600	419
84	21	ARG	ARG	HEM	HEM	D	D - J	441 - 600	419

#1: タンパク質	Cytochrome P450 2D6 / E.C.1.14.14.1 / CYPIID6 / P450-DB1 / Debrisoquine 4-hydroxylase 分子量: 53808.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2D6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10635, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.6 詳細: 1.5M ammonium sulphate, 0.1M sodium citrate, 0.2M potassium sodium tartrate, pH 5.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9538 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日
放射	モノクロメーター: Unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9538 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→106 Å / Num. all: 94111 / Num. obs: 39448 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.002→106 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.833 / SU B: 54.322 / SU ML: 0.449 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.558 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28607	1601	4.1 %	RANDOM
R_work	0.2297	-	-	-
all	0.23198	39438	-	-
obs	0.23198	37837	89.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.121 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.002→106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14228	0	182	11	14421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	14822
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.998	20214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.778	5	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.941	22.711	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.112	15	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.994	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	7197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	10043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.336	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.366	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.435	1.5	9250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.741	2	14638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.244	3	6215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.11	4.5	5568
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3377 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.06	0.05
2	B	tight positional	0.06	0.05
3	C	tight positional	0.06	0.05
4	D	tight positional	0.06	0.05
1	A	tight thermal	0.1	0.5
2	B	tight thermal	0.1	0.5
3	C	tight thermal	0.11	0.5
4	D	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.002→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.449	115	-
R_work	0.374	2604	-
obs	-	-	85.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6519	-0.1795	-0.5256	2.0492	-0.4372	1.8928	-0.1221	-0.0169	0.14	-0.1546	-0.0415	-0.0829	0.0074	0.1688	0.1636	-0.3541	0.0286	-0.0127	-0.052	0.0983	-0.1291	-15.3597	48.7698	-5.7656
2	2.2861	0.2849	-0.7657	2.056	-0.4387	2.2829	-0.0295	0.0247	-0.1012	0.1956	-0.1182	0.1388	0.1843	-0.0362	0.1477	0.094	0.1158	0.0295	-0.2631	-0.0354	-0.189	-34.0901	29.827	-51.994
3	2.4772	-0.1517	0.6657	3.2442	0.2038	1.4801	-0.1232	-0.0117	-0.2273	-0.0608	0.0711	0.1069	-0.1018	-0.247	0.0521	-0.3175	0.0863	0.0197	-0.0941	0.0261	-0.1843	-55.265	48.6442	-4.4768
4	2.4415	0.0372	0.5861	2.5653	1.0963	1.8387	0.2976	0.1426	-0.0396	-0.6519	-0.3852	0.0296	-0.3251	-0.1762	0.0876	0.2678	0.2431	-0.039	-0.1854	0.0255	-0.2175	-39.6085	69.4234	-51.0519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 497
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	34 - 497
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	34 - 497
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	34 - 497

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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