PDB-2f98: Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound subst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f98

タイトル

Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity.

要素

Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / anthracycline / polyketide cyclase / stereoselectivity / aklavinone

機能・相同性

機能・相同性情報

aklanonic acid methyl ester cyclase / intramolecular lyase activity / daunorubicin biosynthetic process / doxorubicin metabolic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces galilaeus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kallio, P. / Sultana, A. / Neimi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity.
著者: Kallio, P. / Sultana, A. / Niemi, J. / Schneider, G.

履歴

登録	2005年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f98.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f98.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/2f98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f99C 1sjwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f99-d 1sjw-1 4zrj-d 4bdr-d 4x48-1 2xxw-d 2p2a-d 3g3j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH

B: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH

C: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH

D: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH

ヘテロ分子

73.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.271, 152.271, 109.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ARG	ARG	2	A	A	2 - 9	11 - 18
2	1	SER	SER	ARG	ARG	2	B	B	2 - 9	11 - 18
3	1	SER	SER	ARG	ARG	2	C	C	2 - 9	11 - 18
4	1	SER	SER	ARG	ARG	2	D	D	2 - 9	11 - 18
5	2	TYR	TYR	PRO	PRO	2	A	A	31 - 45	40 - 54
6	2	TYR	TYR	PRO	PRO	2	B	B	31 - 45	40 - 54
7	2	TYR	TYR	PRO	PRO	2	C	C	31 - 45	40 - 54
8	2	TYR	TYR	PRO	PRO	2	D	D	31 - 45	40 - 54
9	3	LEU	LEU	VAL	VAL	4	A	A	47 - 55	56 - 64
10	3	LEU	LEU	VAL	VAL	4	B	B	47 - 55	56 - 64
11	3	LEU	LEU	VAL	VAL	4	C	C	47 - 55	56 - 64
12	3	LEU	LEU	VAL	VAL	4	D	D	47 - 55	56 - 64
13	4	LYS	LYS	GLU	GLU	4	A	A	57 - 61	66 - 70
14	4	LYS	LYS	GLU	GLU	4	B	B	57 - 61	66 - 70
15	4	LYS	LYS	GLU	GLU	4	C	C	57 - 61	66 - 70
16	4	LYS	LYS	GLU	GLU	4	D	D	57 - 61	66 - 70
17	5	LEU	LEU	ILE	ILE	4	A	A	65 - 70	74 - 79
18	5	LEU	LEU	ILE	ILE	4	B	B	65 - 70	74 - 79
19	5	LEU	LEU	ILE	ILE	4	C	C	65 - 70	74 - 79
20	5	LEU	LEU	ILE	ILE	4	D	D	65 - 70	74 - 79
21	6	GLU	GLU	GLU	GLU	4	A	A	72 - 140	81 - 149
22	6	GLU	GLU	GLU	GLU	4	B	B	72 - 140	81 - 149
23	6	GLU	GLU	GLU	GLU	4	C	C	72 - 140	81 - 149
24	6	GLU	GLU	GLU	GLU	4	D	D	72 - 140	81 - 149
25	7	ALA	ALA	PRO	PRO	4	A	A	14 - 29	23 - 38
26	7	ALA	ALA	PRO	PRO	4	B	B	14 - 29	23 - 38
27	7	ALA	ALA	PRO	PRO	4	C	C	14 - 29	23 - 38
28	7	ALA	ALA	PRO	PRO	4	D	D	14 - 29	23 - 38

詳細

Biological assembly is a tetramer. There are also four molecules in the assymetric unit which forms tetramer by generating the symmetric molecules with the symmetry operator 0,-1,-1 and 1,0,-1

#1: タンパク質	Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH 分子量: 17951.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces galilaeus (バクテリア) プラスミド: pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: GenBank: 7800671, UniProt: O52646*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NGV / METHYL 5,7-DIHYDROXY-2-METHYL-4,6,11-TRIOXO-3,4,6,11-TETRAHYDROTETRACENE-1-CARBOXYLATE / NOGALAVIKETONE 分子量: 378.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₄O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0M ammonium Chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月27日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→56.48 Å / Num. all: 55241 / Num. obs: 55241 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1SJW

1sjw

解像度: 2.1→56.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.592 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21838	2804	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19342	-	-	-
obs	0.19469	52433	100 %	-
all	-	55241	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	-0.41 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→56.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4631	0	132	245	5008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	4969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.958	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.637	5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.223	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.55	1.5	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.03	2	4526
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.517	3	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.451	4.5	2225

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	92	tight positional	0.04	0.05
2	B	92	tight positional	0.04	0.05
3	C	92	tight positional	0.04	0.05
4	D	92	tight positional	0.04	0.05
1	A	955	medium positional	0.19	0.5
2	B	955	medium positional	0.16	0.5
3	C	955	medium positional	0.2	0.5
4	D	955	medium positional	0.16	0.5
1	A	92	tight thermal	0.25	0.5
2	B	92	tight thermal	0.17	0.5
3	C	92	tight thermal	0.22	0.5
4	D	92	tight thermal	0.3	0.5
1	A	955	medium thermal	1.27	2
2	B	955	medium thermal	0.93	2
3	C	955	medium thermal	1.38	2
4	D	955	medium thermal	1.5	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.263	205
R_work	0.222	3927

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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