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- PDB-2f98: Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound subst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f98
タイトルCrystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity.
要素Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / anthracycline / polyketide cyclase / stereoselectivity / aklavinone
機能・相同性
機能・相同性情報


aklanonic acid methyl ester cyclase / intramolecular lyase activity / daunorubicin biosynthetic process / doxorubicin metabolic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like polyketide cyclase / Polyketide cyclase SnoaL-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGV / : / Aklanonic acid methyl ester cyclase AcmA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces galilaeus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kallio, P. / Sultana, A. / Neimi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity.
著者: Kallio, P. / Sultana, A. / Niemi, J. / Schneider, G.
履歴
登録2005年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH
B: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH
C: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH
D: Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,70212
ポリマ－71,8054
非ポリマー1,8988
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)152.271, 152.271, 109.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D
171A
181B
191C
201D
211A
221B
231C
241D
251A
261B
271C
281D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARG2AA2 - 911 - 18
21SERSERARGARG2BB2 - 911 - 18
31SERSERARGARG2CC2 - 911 - 18
41SERSERARGARG2DD2 - 911 - 18
52TYRTYRPROPRO2AA31 - 4540 - 54
62TYRTYRPROPRO2BB31 - 4540 - 54
72TYRTYRPROPRO2CC31 - 4540 - 54
82TYRTYRPROPRO2DD31 - 4540 - 54
93LEULEUVALVAL4AA47 - 5556 - 64
103LEULEUVALVAL4BB47 - 5556 - 64
113LEULEUVALVAL4CC47 - 5556 - 64
123LEULEUVALVAL4DD47 - 5556 - 64
134LYSLYSGLUGLU4AA57 - 6166 - 70
144LYSLYSGLUGLU4BB57 - 6166 - 70
154LYSLYSGLUGLU4CC57 - 6166 - 70
164LYSLYSGLUGLU4DD57 - 6166 - 70
175LEULEUILEILE4AA65 - 7074 - 79
185LEULEUILEILE4BB65 - 7074 - 79
195LEULEUILEILE4CC65 - 7074 - 79
205LEULEUILEILE4DD65 - 7074 - 79
216GLUGLUGLUGLU4AA72 - 14081 - 149
226GLUGLUGLUGLU4BB72 - 14081 - 149
236GLUGLUGLUGLU4CC72 - 14081 - 149
246GLUGLUGLUGLU4DD72 - 14081 - 149
257ALAALAPROPRO4AA14 - 2923 - 38
267ALAALAPROPRO4BB14 - 2923 - 38
277ALAALAPROPRO4CC14 - 2923 - 38
287ALAALAPROPRO4DD14 - 2923 - 38
詳細Biological assembly is a tetramer. There are also four molecules in the assymetric unit which forms tetramer by generating the symmetric molecules with the symmetry operator 0,-1,-1 and 1,0,-1

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要素

#1: タンパク質
Aklanonic Acid methyl Ester Cyclase, AknH


分子量: 17951.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces galilaeus (バクテリア)
プラスミド: pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: GenBank: 7800671, UniProt: O52646*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NGV / METHYL 5,7-DIHYDROXY-2-METHYL-4,6,11-TRIOXO-3,4,6,11-TETRAHYDROTETRACENE-1-CARBOXYLATE / NOGALAVIKETONE


分子量: 378.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.0M ammonium Chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月27日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→56.48 Å / Num. all: 55241 / Num. obs: 55241 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SJW

1sjw


解像度: 2.1→56.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.592 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21838 2804 5.1 %RANDOM
Rwork0.19342 ---
obs0.19469 52433 100 %-
all-55241 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→56.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4631 0 132 245 5008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171.9586751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6375561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.551.52801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0324526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51732168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4514.52225
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A92tight positional0.040.05
2B92tight positional0.040.05
3C92tight positional0.040.05
4D92tight positional0.040.05
1A955medium positional0.190.5
2B955medium positional0.160.5
3C955medium positional0.20.5
4D955medium positional0.160.5
1A92tight thermal0.250.5
2B92tight thermal0.170.5
3C92tight thermal0.220.5
4D92tight thermal0.30.5
1A955medium thermal1.272
2B955medium thermal0.932
3C955medium thermal1.382
4D955medium thermal1.52
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 205
Rwork0.222 3927

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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